Система криминалистики в процессе исторического развития неоднократно подвергалась пересмотру и изменению. Еще в середине 1930-х гг. предлагалось трехчленное деление криминалистики на технику, тактику и частную методику. Это деление сменилось двухчленным: Общая (криминалистическая техника и тактика) и Особенная (методика расследования отдельных видов преступления) части. Такая структура существует в странах романо-германской системы и сейчас.

В ходе активной разработки общетеоретических проблем криминалистики появился новый ее раздел – методология; или общая теория, в который предлагается включить вопросы науковедческого уровня, а также теории и учения, имеющие общее значение для всех разделов криминалистики. В последнее время появились предложения выделить в системе криминалистики новый раздел, который объединил бы положения, пограничные между общими положениями тактики и частной методики (вопросы организации раскрытия и расследования преступлений, выдвижения и проверки версий). В зарубежной криминалистике раздел со сходным содержанием существует давно и носит название криминалистическая стратегия.

В настоящее время большинство ученых придерживаются точки зрения, согласно которой система криминалистики состоит из пяти звеньев:

1) науковедческая часть (введение в науку);

2) общетеоретический раздел;

3) криминалистическая техника – содержит рекомендации по использованию технических средств (трасология, судебная баллистика, судебное почерковедение и т. п.);

4) криминалистическая тактика – обеспечивает наиболее рациональное и эффективное проведение следственных действий;

5) методика расследования отдельных видов преступлений – конкретизация рекомендаций криминалистической техники и тактики в зависимости от вида совершенного преступления.

Успех проводимых научных исследований во многом предопределен избранными путями достижения научных целей, то есть используемыми в научном исследовании методами. Методы криминалистики можно классифицировать по разным основаниям.

Наибольшее распространение имеет классификация Н. А. Селиванова по распространенности в научных отраслях: 1) всеобщий метод (диалектический материализм); 2) общенаучные методы: логические (анализ, синтез, дедукция, индукция), математические (моделирование), эмпирикорациональные (наблюдение, описание, сравнение, эксперимент); 3) частнонаучные методы (история, антропология, социология, физика, химия); 4) специальные методы (трасология). Эта классификация вызвала некоторые возражения со стороны Р. Белкина и А. Ларина, которые не считают эмпирические методы общими, потому что они применяются только на практическом уровне конкретной науки, а здесь налицо разные предметы классификации.

Другой юрист, А. А. Эксархопуло, классифицирует методы в зависимости от сферы их применения и уровня проводимого научного исследования (различают эмпирический или теоретический уровень). Выделяются общенаучные методы (наблюдение, описание, эксперимент, измерение, анализ и синтез, индукция и дедукция и пр.). Каждый общенаучный метод будет приобретать свои специфические особенности при его реализации в зависимости от цели научного исследования, объектов, познаваемых с его помощью, и т. п.

Сфера применения специальных методов криминалистики ограничена научными исследованиями, проводимыми в узкой группе отраслей знания. Для эмпирического исследования применяются главным образом методы, присущие чувственному познанию, для теоретического – рациональному.

Огромное внимание обращается на криминалистическую технику – то есть систему научных положений и основанных на них технических средств, приемов и методик, предназначенных для собирания и исследования доказательств в процессе судопроизводства по уголовным и гражданским делам, других мер предупреждения и раскрытия преступлений.