Все протоколы, постановления и решения суда в копиях направлялись в Главный оперативный штаб. Большая часть работы возлагалась на секретаря (делопроизводителя) суда. В функции суда входил разбор дел, кроме указанных случаев, по всем преступлениям: по обвинению как граждан, так и партизан войсковых соединений в мародерстве, дезертирстве, грабеже, нанесении оскорблений, агитации, шпионаже, контрреволюции и т. п. Опросом пленных при полках ведали политические работники, которые проводили эти опросы по специально выработанной схеме. Опрос пленных сводился к выяснению характеристики полка, состояния части в боевом, политическом и экономическом отношениях, характеристики командного состава и политработников, отношения красноармейцев к партизанам. По окончании опроса пленные вместе с протоколом опроса направлялись в штаб армии, а иногда и освобождались, в зависимости от данных показаний и их виновности. При суде имелись конвоиры для сопровождения арестованных. Мест заключения не было, согласно инструкции о наказаниях на заключение под стражу не осуждались.

Политотдел в повстанческой армии Антонова занимался политической, агитационной и организационной работой. По аналогии с Красной Армией сложилась система политических органов: в бригаде – политотдел, в полку – политическое бюро, в дивизионах и эскадронах – политработники полка. Политотдел армии вел учет, регистрацию и производил посылку работников по районам и войсковым соединениям. Кроме того, политотдел должен был разрабатывать воззвания, листовки и т. п. по армии, которые после утверждения губкомом Союза трудового крестьянства распространялись как среди населения, так и партизан. Главную роль играли агитационные и организационные работники, которые политотделом армии командировались в бригады и полки для работы среди партизан и населения в районе, в котором находилась часть. После выполнения задачи продолжительность нахождения в части разрешалась на время, по усмотрению самого работника, о результате ее он направлял доклад в оперативный штаб. В функции политотделов входило: разъяснять среди повстанцев и населения задачи борьбы, воодушевлять бойцов, поднимать революционный дух у населения, внушать ему необходимость оказания всевозможной и всесторонней помощи партизанам. В районах, присоединяющихся к общему народному движению, политотделы организовывали комитеты «нового порядка жизни». Командиры бригад, полков и др. войсковых частей были обязаны всеми мерами содействовать их работе.

Агитационно-пропагандистские и организационные работники армии по прибытии в бригаду, полк связывались с политическими работниками и действовали с ними в контакте. Самовольный уход с поста политработника или вообще уклонение его от исполнения своих обязанностей влекло за собой ответственность военного времени. Деятельность политработников давала положительные результаты: из ряда донесений следует, что митинги и организации комитетов Союза трудового крестьянства проводились успешно даже в тех местах, где полк находился на отдыхе в течение 2—3 часов. При появлении партизан в селах, волостях и деревнях немедленно созывалось общее собрание граждан, которые в большинстве своем охотно шли на сборы. Выступающий оратор своей речью показывал гражданам печальную картину положения страны как следствие трехлетней власти коммунистов и целесообразность выступления крестьян. Оперативные сводки как партизанской армии, так и красных частей констатировали, что граждане, проникнувшись словами ораторов, выражали свое глубокое сочувствие «благому начинанию освобождения трудового населения от «ига коммунистов» и выносили резолюции сходного содержания: «Горячо приветствуем и приносим сердечную благодарность повстанцам, которые горят желанием освободить народ из-под ига, рабства, и даем слово в тесной связи плечо к плечу идти бодро и смело на борьбу и на помощь организованным путем восставшего народа, дабы этим защитить себя от новых нападений. Смелым натиском сбросим оковы порабощения незаконных, нечеловеческих коммунистических грабежей, зверских поступков и репрессий». По окончании митинга во многих селах записывались добровольцы и тут же проводилась организация (в случае отсутствия) комитетов Союза трудового крестьянства и формирование местного отряда. Выдвигаемые кандидаты на ответственные посты утверждались райкомами.