Кратковременный по времени перестроечный историографический период создал условия и основу для дальнейшего активного продолжения исследований истории российского и советского крестьянства, которое связано с новым, постсоветским этапом историографии изучаемой темы. В 1990-е гг. началось активное исследование крестьянских протестных явлений77. Произошло значительное, по сравнению с советским периодом историографии, расширение исследовательской проблематики. Большое внимание историков привлек вопрос о генезисе восстаний: социально-экономических и политических условиях и факторах, общероссийских и местных причинах. В публикациях 1990-х гг. происходил поиск новых ответов на ключевые вопросы темы, для этого привлекалась более широкая, чем раньше, источниковая база: документы органов ВЧК, революционных и военных революционных трибуналов, органов военного управления, которые ранее находились на секретном хранении или доступ к которым имел ограниченный характер.

В работах В. И. Шишкина78, Н. Г. Третьякова79 было предложено серьезное обоснование, на материалах Западно-Сибирского восстания и других восстаний в Сибири, главных причин крестьянского протеста. В их числе авторы называли недовольство населения политикой центральных и местных, прежде всего губернских, властей (продразверстками, мобилизациями и трудовыми повинностями), не считавшихся с реальными интересами и объективными возможностями крестьянства, а также возмущение методами осуществления этой политики, злоупотреблениями и преступлениями сотрудников продовольственных органов. Исследователи считали, что Западно-Сибирское восстание носило преимущественно стихийный характер. Исследователи осветили причины протестных выступлений бывших «красных партизан» в Сибири, выступивших против недавних союзников по борьбе против Колчака. Сам по себе это был уникальный феномен протестного движения в России, характерный только для Сибири.

Развитию исследований в 1990-е гг. способствовала разработка теоретико-методологических аспектов изучения крестьянского движения в условиях революционной и послереволюционной трансформации России. В. П. Данилов выдвинул положение о том, что аграрная революция – основа всего происходившего в России, начиная с 1902 г. вплоть до 1922 г. включительно: крестьянская революция заставила отказаться от продовольственной разверстки, ввести нэп, признать особые интересы и права деревни80. Позицию Данилова поддержал Теодор Шанин, утверждавший, что крестьянская война в России продолжалась два десятилетия, а нэп выразил блистательную, хоть и временную победу крестьянской войны81. Однако в данной концепции не учитывается комплекс обстоятельств, связанных с оценкой 1917 г. как поворотного периода российской истории в контексте дихотомии власть-крестьянство: кардинальными отличиями дореволюционной самодержавной власти и новой власти (Советского государства), глубокими изменениями в среде крестьянства, которые произошли в период революционной трансформации (см. приведенные выше показательные оценки Г. П. Федотова). Поэтому механическое проецирование дореволюционных взаимоотношений крестьянства и государства на послереволюционный период умозрительно. Вызывает сомнение также оценка полутора десятилетий дореволюционных лет в качестве революции: принципиального изменения отношений по поводу власти и собственности (земли) между крестьянством и государством в этот период не произошло. Определять в качестве крестьянской революции крестьянские бунты и волнения вплоть до весны-лета 1917 г. представляется наивным.