Для мятежа Филартос выбрал удачное время, когда центральная власть в империи была наиболее слабой. А турки-сельджуки застряли в Анатолии и не трогали Киликию. Армянское население региона поддерживало независимую политику Филартоса, но против него выступали армянские князья, считавшие его выскочкой.
Чтобы легитимизировать свою власть Филартос формально признал себя вассалом нового императора Никофора III Вотаниата, занимавшего престол в 1078 – 1081 годах. За поддержку Византийский монарх возвёл Филартоса в звание в севаста, а после августа. Это обезопасило его от притязаний Византии, турок-сельджуков и, главное, подняло авторитет у армянских князей. Филартос жестоко расправился с оппозицией. Его власть в подвластных ему землях быдла столь огромна, что Филартос даже вмешивался в духовные дела. Он, своей властью, назначал местных церковных иерархов.
Упрочив свою власть, Филартос приступил активной внешней политике. Воспользовавшись тем, что в 1076 году греки восстали и убили наместника Антиохии Васака Пахлавуни, родом армянина, Филартос захватил этот огромный город, сделав его своей резиденцией. В 1077 году его армия под командованием армянского князя Василия Апокапа осадила Эдессу. Армянское население города восстало против византийского дуки Льва Даватаноса. Дука, опасаясь за свою жизнь, бежал из города, после чего Василия Апокап вступил в Эдессу.
Филартос, в награду за военные успехи назначил Апокапа своим наместником в захваченной им Эдессе.
После смерти Василия Апокапа в 1083 году, его сменил дука Смбат Вхкаци, мужественный боец против турок-сельджуков. Смбат происходил из знатного армянского рода, имевшего родовое владение в Вихике, в южном Тайке, в Армении. Его отец Багтар Вхкаци состоял на византийской службе. В 1064 году он занимал важную должность катапана Востока и дука Иверии. Смбат был избран правителем Эдессы горожанами, собравшимися в храме Святой Софии, без санкции Филартоса Вахамеи.
Однако через полгода Смбат Вхкаци был смещён с должности августом Филартосом Вахамеем по доносу недовольных армянских ишханов. Филартос жестоко расправился с недовольными горожанами. Многих ослепили, других отправили в Марш резиденцию августа Филартоса в оковах. Их имущество конфисковали.
Вскоре, теснимый турками-сельджуками, в виду того, что мусульмане захватили Антиохию, Филартос Вахамий сделал Эдессу своей резиденцией.
Однако его сил недостаточно чтобы сдерживать натиск мусульман. У Филартоса нет союзников. Новый Византийский император Алексей I Комнин занят борьбой с южно-итальянскими норманнами, вторгнувшимися на Балканы. У него нет лишних войск. Более того император, чтобы не воевать на два фронта, заключил с турками мир и признал все захваченные ими земли в Малой Азии.
Это поставило августа Филартоса в трудное положение. Чтобы сохранить свои владения Филартос решил пойти на сговор с мусульманами. В это время в Малой Азии было много мелких и средних полунезависимых мусульманских государств. Чтобы обезопасить себя от их набегов Филартос признал себя вассалом Сельджукского султана Мелик-шаха, правившего в 1072 – 1092 годах.
Чтобы заручиться поддержкой султана Филартос Вахамий лично отправился ко двору Мелик-шаха в Багдад. В столице, в городе Эдессе, вместо себя август оставил ромейского князя Паракаманоса. Воспользовавшись отсутствием правителя в Эдессе, недовольные политикой августа Филартоса армянские князья организовали переворот. Паракаманос был свергнут и убит. Новым правителем Эдессы стал князь Парсам.
Последствия государственного переворота сильно ослабили позиции Филартоса Вахамия при султанском дворе. Его стали считать слабым правителем негодным для союза с сельджуками. Чтобы восстановить уважение Мелик-шаха Филартос перешёл в мусульманство. Однако такой шаг лишил августа поддержки подданных. От него отвернулись не только греки, но и армяне, посчитав его предателем. Филартос Вахамий потерял всякое влияние на своих подданных и лишился авторитета у сельджуков. Понимая, что его время прошло, карта его быта, Филартос устранился от власти. Опять вернувшись в лоно христианской церкви, остаток дней он провёл в одном из армянских монастырей.