С основанием Енисейского острога в 1619 году характер правительственных распоряжений относительно распространения русского владычества в Сибири несколько урегулировался; подмечается уже заботливость о сибирских инородцах, принявших русское подданство; усматривается наклонность к более мирной системе действий. Столкновения с киргизами, начавшиеся в 1605 году и усилившиеся по заложении Кузнецкого острога в верховьях р. Томи в 1608 году, научили осторожности, и потому вслед за постройкой Енисейского острога последовало заложение Мелесского острога на р. Чулым, уже не для сбора ясака, а для охраны чулымских татар от набегов киргизов. Затем всякому движению вперед предшествует теперь посылка разведывательных партий распоряжением властей. Заботясь о лучшем обеспечении инородцев, находящихся уже в подданстве, Московское правительство, отправляя воеводу Якова Хрипунова вторично в г. Енисейск в 1623 году, придало ему Андрея Дубенского для посылки в дальние земли с целью разведок. «И понеже от киргизов и бурят, особливо для Тулкинской (округ Кузнецкого острога) волости великого бедствия опасаться можно». Хрипунов послал Дубенского вверх по р. Енисею для выбора места, на коем бы можно было заложить город для защиты новых подданных. Результатом этой командировки было построение в 1627 году острога Красный Яр, переименованного в город в следующем году.

Несмотря на то, что со времен Михаила Феодоровича подмечается забота правительства об инородцах, принявших русское подданство, взгляд сибирских воевод и казаков на свои отношения к ним остался прежний. Так, с учреждением Красноярского города район бывшего округа города Енисейска сократился, и это вызвало нелюбовь и вражду енисейских воевод и казаков к красноярским. В 1630 году один из князей тубинских, плативших дань Енисейску, по имени Сойт, пользуясь тем, что киргизы и калмыки беспокоили Красноярск, перестал платить ясак и присоединился к киргизам. Для наказания Сойта из Енисейска отправили атамана Ивана Галкина с 35 казаками. Не выполнив этого поручения и с трудом спасши свой отряд, Галкин отступил к Енисейску через земли котовов, плативших ясак, в Красноярск. Пользуясь этим случаем, он произвел ночное нападение на князя котовов Тесеника, убил 20 человек, забрал его жен и детей, захватил 5 сороков соболей и отдал жилища котовов на расхищение казакам. Когда, по жалобе Тесеника, красноярцы вступились за котовов, признавая это нападение за нарушение своих прав и за грабеж, причиненный против верноподданных, то енисейцы удовлетворения не дали и удержали похищенное. «И возможное ли дело, чтобы воевода енисейский согласился на возвращение пяти сороков соболей?» Так заканчивает рассказ об этом факте Фишер.

В 1622 году русские впервые познакомились с бурятами, которые в числе 3000 человек (по Фишеру) напали на котовов, живших по р. Кану, для сбора ясака. Енисейский воевода Яков Хрипунов отправил на р. Кан казака Козлова для разведки о способе действий и вооружении бурят и для передачи им приглашения принять русское подданство. Хотя предложение это и не было принято, но мысль о подчинении бурят твердо засела в головах енисейских воевод и повлекла за собой посылку партий для производства самых тщательных разведок о бурятах. Первая попытка к тому, сделанная в 1623 году посылкой партии под начальством атамана Василия Алексеева, оказалась неуспешной. Затем до 1627 года повторять попытки разведок о бурятах не представлялось возможности, потому что надо было усмирить тунгусов, живших на р. Чону и в низовьях Тунгуски. Потом приходилось усмирять бунт казаков, возмутившихся против воеводы Андрея Ошанина