Кроме того, в обязанности инспекционных комиссий вменялось при изучении положения дел в губернских ЧК обращать внимание на выявление характерных недостатков, мешавших налаживанию планомерной работы.

В Инструкции особым инспекционным комиссиям подчеркивалось, что при выезде на места члены комиссии должны входить в тесный контакт с комитетами РКП(б), исполкомами местных Советов и другими советскими учреждениями для детального обследования работы местных ЧК. О результатах проверки местного органа ЧК члены комиссии должны были информировать соответствующий партийный комитет и исполком, а также руководство ВЧК.

Сотрудники инспекционной комиссии при выездах на места обладали широкими полномочиями. Они могли, в случае необходимости, отстранять виновных от работы, вплоть до отдачи под суд трибунала. При крайних обстоятельствах им разрешалось брать на себя руководство работой местных чрезвычайных комиссий.

Инспекционная комиссия обязывалась давать объективную оценку положения дел в обследуемом органе и следить за тем, чтобы «оперативные удары» ЧК наносились по действительным противникам советской власти и меньше всего отражались на рабочих, беднейших крестьянах, а также на «мелкобуржуазных, обывательских аполитичных элементах», которых советская власть использовала для налаживания хозяйственной жизни страны.

Однако существовавшая служба контроля не могла справиться с возраставшим объемом работы. В связи с этим в декабре 1920 г. для усиления контроля и оказания помощи местным органам создается административно-организационное управление ВЧК в составе административного и организационного отделов. Административный отдел ведал подбором, расстановкой и учетом кадров. Организационный отдел занимался организацией и руководством работой в местных ЧК путем инспектирования и инструктирования.

С учетом изложенного представляется, что создание системы ЧК на местах в основном осуществлялось методом проб и ошибок при отсутствии единого понимания в центре и на местах, а также в условиях принципиальных разногласий большевистского руководства и левых эсеров, возглавлявших Народные комиссариаты внутренних дел и юстиции. Однако экстраординарными усилиями, преодолевая противодействие отдельных центральных и местных органов советской власти, Центральному комитету РКП(б), Совету народных комиссаров и Всероссийской чрезвычайной комиссии удалось в конце концов создать относительно стройную централизованную систему местных чрезвычайных комиссий, решавших задачи по борьбе с контрреволюцией, спекуляцией, преступлениями по должности и др. в своих регионах.

Создание централизованной вертикали органов безопасности в условиях Гражданской войны являлось сложной задачей, как для красных, так и для белых, из-за недостатка ресурсов и времени. Следует принять во внимание территориальные изменения вследствие наступления или отступления армий. На формирование костяка территориальных органов безопасности у обеих противоборствующих сторон приблизительно ушло около полугода. Победа большевиков в войне представила возможность для дальнейшего развития органов ВЧК, поражение белых и сокращение территорий привело к ликвидации спецслужб на Юге и в Сибири.

В условиях Гражданской войны одной из важнейших задач советской власти было создание в вооруженных силах специальной службы, способной эффективно вести борьбу с контрреволюцией и шпионажем.

В первые месяцы после Октябрьского переворота функции борьбы со шпионажем противника осуществляли органы старой армии – контрразведывательная часть (КРЧ) Главного управления Генерального штаба (ГУГШ) и контрразведывательные отделения (КРО) штабов тыловых военных округов, КРЧ штаба Верховного главнокомандующего, КРО штабов фронтов и армий, а также КРО штабов военных округов на театре военных действий. С 1 января 1918 г. эти органы стали именоваться военным контролем, который, однако, просуществовал недолго. После демобилизации старой армии и ликвидации в феврале 1918 г. Ставки были упразднены органы военного контроля на театре военных действий. В апреле в связи с реорганизацией местного военного управления прекратили свое существование и окружные контрразведывательные отделения. От старой военной контрразведки (военного контроля) остался только контрразведывательный аппарат ГУГШ