Во второй половине XX в. был предложен еще один ответ на кризис ценностей и идеалов Просвещения – постмодернизм. В его рамках отвергается самое базовое положение классической модели исторического исследования – принципиальная возможность получения объективного истинного знания о прошлом. Постмодернисты полагают, что так называемые исторические факты, которыми оперируют историки, – это суть конструкты, создаваемые самими исследователями под влиянием собственной личности, опыта и задаваемых источникам вопросов. Иными словами, историческая реальность недоступна, доступны лишь представления историков о ней, зависящие от точки зрения и инструментария исследователя: при их изменении будет изменено и представление о прошлом. Указывалось, что никакой уровень мастерства историка не способен преодолеть исследовательскую субъективность и помочь специалисту перейти от конструирования прошлого к его реконструкции. Поэтому самым продуктивным для историков будет поиск в прошлом чего-то единичного и уникального, а при изучении конкретного предмета – свободное комбинирование максимально большого числа методологических подходов. В XXI в. в своем наиболее вульгарном виде постмодернизм проник в сознание отдельных политиков, которые в своем увлечении прошлым стерли грань между изучением истории и пропагандой. Нет нужды говорить, что постмодернизм не нашел среди египтологов, как и среди других представителей исторических наук, значительной поддержки. Однако некоторое воздействие идеи постмодернизма на археологию Нильской долины все же оказали в рамках постпроцессуализма; кроме того, иногда влияние постмодернизма можно углядеть в проникновении в египтологические исследования неолиберальных идей и концепций (хотя это далеко не единственная причина данного явления).
Естественной реакцией на распространение постмодернизма, угрожающего самому статусу истории как науки, стало появление в конце XX в. неоклассической модели исторического исследования. В ее основе, как и в случае с классической моделью, лежат историзм (признание важности изучения объектов в связи с конкретно-историческими условиями их существования), объективизм (уверенность в возможности объективного познания прошлого) и холизм (признание приоритета целого над его частями). Однако неоклассики учли критику со стороны представителей неклассической модели и постмодернистов, отказавшись от наиболее уязвимых положений. Многие их них отошли от сущностного отождествления исторической науки и естествознания, признали важность изучения – помимо общих закономерностей – индивидуальной исторической реальности, единичного и уникального, подвергли критике представление о неизбежности прогрессивного движения в истории, признали принципиальную недостижимость абсолютной нейтральности ученого по отношению к объекту своего исследования и зависимость содержания научных фактов не только от исторической реальности, но и от представлений историков. Кроме того, неоклассический подход критикует стремление к созданию универсальных теорий исторического развития и практику заимствования теорий из общественных и социальных наук. Многие положения неоклассической модели нашли реализацию в египтологии, которая на современном этапе в теоретическом плане демонстрирует фрагментарность и разорванность, свойственную, впрочем, и другим историческим дисциплинам. Можно предположить, что рост консервативных настроений, правого и левого популизма и политической напряженности по всему миру вернет в обозримой перспективе интерес историков к большим теориям в духе классических моделей исторических исследований.