Борис вершил все дела государства, и, кроме того, был в Москве думный дьяк Андрей Щелкалов, он был такой пронырливый, умный и лукавый, что превосходил разумом всех людей; Борис был весьма расположен к этому дьяку, как необходимому для управления государством, и этот дьяк стоял во главе всех дьяков во всей стране, и по всей стране и во всех городах ничего не делалось без его ведома и желания, и, не имея покоя ни днем ни ночью, работая, как безгласный мул, он еще был недоволен тем, что у него мало работы, и желал еще больше работать, так что Борис не мог довольно надивиться им и часто говаривал: «Я никогда не слыхал о таком человеке и полагаю, весь мир был бы для него слишком мал, ему было бы прилично служить Александру Македонскому»; к нему Борис был весьма расположен;

Ещё в конце 1597 года Царь Фёдор впал в тяжёлую болезнь. Вот как это сказано у Н.М.Карамзина: «Как в течение жизни, так и при конце её, Фёдор не имел иной воли, кроме Борисовой; и в сей великий час не изменил своей беспредельной доверенности к наставнику; лишаясь зрения и слуха, ещё устремлял темнеющий взор на Годунова и с усилием внимал его шептаниям».

В завещании Фёдор вручал Державу своей жене Ирине, а душу Святителю Иову, двоюродному брату Фёдору Никитичу Романову и шурину Борису Годунову назначил быть главными советниками трона. В 11 часов вечера Иов исповедал Царя. В 7 часов утра 7 января 1598 года Царь Фёдор Иоаннович испустил дух, без судорог и трепета, незаметно, как бы заснул тихо и сладко.

Борис Годунов, когда собрались все Бояре напомнил им, что в России Царя нет и все должны присягнуть Царице Ирине, что те и сделали, целуя крест в руках Патриарха Иова. У Н.М.Карамзина- это так: «Случай дотоле беспримерный: ибо мать Иоаннова, Елена, властвовала только именем сына-младенца: Ирине же отдавали скипетр Мономахов со всеми правами самобытной, неограниченной власти».

Царица Ирина Годунова. Скульптура из реконструкции.

В Пискаревском летописце находим: «прияша власть скипетра Московского государьства благоверная и христолюбивая царица и великая княгиня Ирина… по благословению и молению отца своево и богомольца святейшаго Иева, патриарха московского и всеа Русии, и митропалитов, и архиепископов, и епискупов, и по челобитью Руския державы Московского государьства бояр и окольничих, и дворян и всяких чинов людей и всего православного християнства.

Она на малое время, покамест бог царьство строит от всех мятежей и царя даст. И крест ей целоваша вся земля Расийского государьства».

По предании тела земле пресеклось на троне Московском величавое Варяжское поколение, коему Россия обязана бытием, именем и величием.

В девятый день по кончине Царя объявили, что на лобном месте будет прочитана грамота, простой народ, всегда в этой стране готовый к волнению, во множестве столпился около Кремля, шумел и вызывал царицу Ирину, жену царя Федора, сестру Бориса, домогаясь ее видеть, все кричали: «Будь милостива к нам, будь нашей царицей: что ты потребуешь, все исполним».

Услышав это, царица, дабы избежать великого несчастья и возмущения, вышла на большую лестницу царского дворца и изъявила желание говорить; увидев ее, все принялись так громко кричать, что, казалось, земля и небо сойдутся вместе: «Дай Бог здравия нашей царице», и тотчас все смолкли, чтобы услышать, что она скажет, и она сказала народу следующее:

«Православные! Муж мой и милостивый царь по воле Бога, Николая чудотворца и всех святых переселился из сего мира в царствие небесное, где все мы уповаем быть. Да будет вам ведомо, что при кончине Федора я должна была дать клятвенное обещание посвятить себя Богу, удалиться от мира и стать монахинею, ежели я достойна молиться о спасении его души, предков наших и всех нас. И так как я сама расположена к тому всем сердцем, то смиренно прошу вас освободить меня от этих великих тягот и мирского дела, передать управление тому, кто достоин, кому по праву надлежит принять его; так как я не желаю царствовать и хочу послушно исполнить просьбу моего покойного мужа, то прошу всех вас более не неволить меня, ибо я никогда не соглашусь; за сим усердно молитесь всемогущему Богу, дабы Он даровал вам набожного и богобоязненного владыку, который беспорочно, справедливо и ревностно управлял бы отечеством, и я тоже буду молиться всемогущему Богу, дабы он ниспослал свою милость».