Ударные авиагруппы обоих противников, вернее то, что от них осталось к полудню вернулись на свои авианосцы, по докладам оставшихся в живых пилотов получалось, что у противника авианосцев больше нет, в худшем случае остался один повреждённый и командующим с обеих сторон надлежало принять решения на дальнейшее ведение операции. Что удивительно ни тот ни другой командующий не отправили самолётов на контроль результатов атаки. Подчиненным, конечно, доверять надо, но и проверять тоже желательно.

За несколько минут до взрыва.

На кораблях соединения T.F.17 не было повода для беспокойства, “Лексингтон” постепенно возвращался в норму после полученных повреждений, крен был ликвидирован путём перекачивания водяного балласта, пожары взяты под контроль, полётная палуба не имела повреждений, могли проводиться взлетно-посадочные операции и корабль мог идти полным ходом. Корабль начал принимать самолёты для заправки и пополнения боекомплекта, готовиться к отражению возможной новой атаки, начальник службы борьбы за живучесть доложил командиру, что скоро все повреждения будут ликвидированы. Но в результате сотрясений от взрывов в бензоцистернах и трубопроводах открылись течи и скопившиеся в закрытых помещениях пары бензина взорвались, это случилось через 1 час 15 минут после окончания вражеской атаки.

Корабль охватило пламя, в результате взрыва погиб начальник службы борьбы за живучесть с большинством своих подчинённых, водяная пожарная магистраль была разорвана в районе взрыва. Оба элеватора были заклинены в верхнем положении, не смотря на всё это корабль продолжал принимать самолёты, именно в это время вернулась эскадрилья торпедоносцев. Огонь продолжал распространяться по кораблю, сопровождаясь взрывами боезапаса, из-за большой температуры пришлось эвакуировать людей из машинных отделений, В одном из отделений ангара находились снаряженные для подвески на самолёты торпеды, их постоянно поливали водой опасаясь взрыва, но вскоре “Лексингтон” остановился, прекратилась подача электроэнергии и огонь подошел к ним вплотную. Команда продолжала бороться с огнём, но адмирал Фитч видя бесполезность её действий посоветовал командиру “убрать ребят с корабля”, около 17 часов был отдан приказ приступить к эвакуации.

После 18 часов эвакуация 2735 человек закончилась, на корабле остались тела погибших 216 человек и 36 самолётов, адмирал Флетчер вновь принял командование соединением и приказал добить авианосец торпедами. Около 19 часов эсминец выпустил по “Лексингтону” 5 торпед, 4 из них взорвались и через час горящий авианосец на ровном киле скрылся под водой.

“Йорктаун” закончил устранение своих неисправностей к 14:00, принял все самолёты “Лексингтона” которые были в воздухе на момент потери им хода. Кажется, что в распоряжении адмирала Флетчера имелось достаточно сил для организации повторного удара по противнику, но из этих 70 самолётов в исправном состоянии было менее 50. Положение с боезапасом было также удручающим, торпеды закончились, а 1000-фунтовых бомб оставалось не более трёх десятков, начиная с 4 мая запасы авиабензина так же не пополнялись. Флетчер не решился рисковать столь дорогим кораблём, который в результате ещё одного вылета мог вообще остаться без авиагруппы и оказался прав, в случае отсутствия «Йорктауна» при Мидуэе Тихоокеанский флот США оказался бы на грани катастрофы. Приняв личный состав погибшего авианосца Флетчер начал отход на юг, командующий Тихоокеанским флотом адмирал Нимиц, получив сообщение о результатах боя подтвердил его решение. На следующий день разведчики, высланные Флетчером на север, сообщили ему о двух преследующих его соединение вражеских авианосцах, T.F.17 развив предельную скорость начало отход, предупредив Порт-Морсби и Таунсвил об обнаружении противника, но скоро разведчики разглядели, что это коралловый риф о который разбиваются волны прибоя. «Йорктаун» прибыл в Перл-Харбор как раз вовремя к началу своей последней битвы у Мидуэя.