Сложившаяся модель государственно-конфессиональных отношений в годы войны продолжала функционировать и первые послевоенные годы. Но в 50-х годах была снова начата антирелигиозная кампания, сопровождавшаяся притеснением верующих и закрытием храмов.

4 октября 1958 года ЦК КПСС принял секретное постановление «О записке Отдела пропаганды и агитации ЦК КПСС по союзным республикам “О недостатках научно-атеистической пропаганды”». Постановление предписывало всем партийным и общественным организациям и государственным органам развернуть решительное наступление на «религиозные пережитки», был предложен целый комплекс мер, направленных на повышение уровня атеистической пропаганды в печати, в образовании. Так п. 4, например, призывал обратить внимание на необходимость организации широкой постоянно действующей курсовой сети по подготовке и переподготовке атеистических кадров, усилению научно-атеистической пропаганды среди трудящихся^>46. Именно в это время появляется в высших учебных заведениях предмет под названием «научный атеизм».

Продолжая наступление на религию, Совет Министров СССР 16 октября 1958 года принято постановление № 1160 «О налоговом обложении доходов предприятий епархиальных управлений, а также доходов монастырей»^>47 и постановление «О монастырях в СССР». В соответствии с этими нормативно-правовыми актами были установлены повышенные ставки налога с земельных участков, находящихся в пользовании монастырей, предусматривалось сокращение земли, находящихся в пользовании монастырей, а также устанавливались требования о запрете принимать в монастыри граждан моложе 30 лет. В итоге к середине 60-х годов у Русской Православной Церкви осталось только 18 действующих монастырей, в том числе была закрыта и Киево-Печерская Лавра^>48. Продолжались кампании по закрытию храмов^>49. Как пишет протоиерей В. Цыпин: «На 1 января 1961 года в Русской Православной Церкви существовал 11 571 приход, за год это число сократилось почти на полторы тысячи. На 1 января 1962 года в стране оставалось 10 149 православных храмов, а к 21 августа 1963 года регистрацию имели лишь 8 314 общин»^>50.

Необходимо отметить характерную особенность этого этапа развития отношений государства и религиозных объединений: с одной стороны, государство реализовывало жесткую политику притеснения церкви, а с другой стороны, разрешало выезд за рубеж представителям РПЦ и других конфессий в СССР для пропаганды идей о свободной и нормальной жизни верующих в советском государстве (в 1961 году РПЦ была принята во Всемирный Совет Церквей, а в 1964 году впервые представители РПЦ участвовали в качестве наблюдателей во Всемирном братстве православной молодежи «Синдесмос»).

В декабре 1965 года произошло важное событие – Совет по делам Русской православной церкви и Совет по делам религиозных культов по решению Совета Министров СССР упразднялись. Их полномочия переданы новому органу – Совету по делам религий при Совете министров СССР. Главной задачей нового органа стал контроль за соблюдением действующего законодательства в сфере религии, а также изучение и обобщение практики применения законодательства о религиозных объединениях.

23 июня 1975 года принимается указ Президиума Верховного Совета РСФСР «О внесении изменений и дополнений в Постановление ВЦИК и СНК РСФСР от 8 апреля 1929 года «О религиозных объединениях», уточняющий процедуру государственной регистрации и порядок приобретения церковной утвари и предметов религиозного культа^>51. Кроме того, возможности церковной деятельности в некоторых сферах, по сравнению с прежней редакцией, были еще более ограничены