Берлинский трактат 1878 г. перечеркнул эти проекты, и Македония осталась по-прежнему в составе Османской империи. Теперь она стала ареной борьбы славян с греками за сферы влияния. Борьба велась, прежде всего, на церковном уровне, за которым скрывалось национально-политическое противостояние: экзархисты стремились любой ценой получить церкви в селах с преобладающим славянским населением и, следовательно, рассматривать эти села как потенциально болгарские, патриархисты же старались удержать их под властью Константинополя, что предполагало их будущий переход в руки Греческого королевства. Центрами борьбы становились города – Ускюб (Скопие), Битоли, Адрианополь, Драма, Кавала и др[15]. Далеко не все славянские деревни спешили присоединяться к экзархии; главным церковным мотивом экзархистов было богослужение на славянском языке, остальные соображения носили национально-политический характер – избавление от экономического и морального гнета греческого духовенства, надежда на скорейшее освобождение от турецкого владычества и присоединение к Болгарскому княжеству и проч. При рассмотрении коллективных писем от жителей того или иного села с просьбами о присоединении к экзархии рубежа XIX–XX вв. производит впечатление, что все они составлены по одному шаблону Очевидно, что образцы этих прошений распространялись болгарскими агентами, а жители ставили под ними свои подписи – зачастую славянские имена оказываются написаны греческими буквами. Греки, со своей стороны, проводили не менее активную деятельность. Опираясь на греческое население городов и сел со смешанным составом жителей, они оказывали давление на сельских старейшин; не следует забывать, что до 1870-80-х гг. все начальное образование находилось в руках греческого духовенства, осуществлявшего политику эллинизации населения. На протяжении двух десятилетий Македония стала ареной партизанской войны между болгарскими и греческими вооруженными отрядами, которые терроризировали крестьян и добивались угрозами и прямым насилием перехода в Экзархию или возвращения в патриархию.
В октябре 1893 г. в Фессалонике была основана Македонская революционная организация; председателем был назначен X. Татарчев, секретарем Д. Груев[16]. Целью организации было достижение автономии Македонии, как промежуточного этапа к окончательному присоединению этой области к Болгарии, на протяжении последующих двух десятилетий ВМОРО станет центром вооруженных действий болгарских отрядов-чет в Македонии. Интересно, что создатели организации допускали, что присоединение области к Болгарии может и в будущем не осуществиться, и тогда она «может послужить объединительным звеном федерации балканских народов»; дальнейшие действия четников, направленные не только против турецких властей, но и против сербов и греков, полностью исключили такую возможность. В Болгарии в 1893 г. возникли военные македонско-одринские братства. В качестве руководящего органа легальной организации македонских обществ в Болгарии в марте 1895 г. был создан Македонский комитет (впоследствии Верховный македонский комитет), который также провозгласил своей целью автономию Македонии. Первые шаги болгарских дружин нельзя назвать удачными; действия отрядов не имели достаточной организации, и они нередко занимались грабежом. Четники осознавали свою неподготовленность вести борьбу с регулярной турецкой армией и старательно избегали стычек с ней. В результате деятельность отрядов обернулась широкомасштабной провокацией, призванной разбудить мусульманский фанатизм и вызвать резню христиан Македонии с тем, чтобы привлечь внимание общественности в Европе и России и добиться провозглашения автономии Македонии под давлением держав. От действий четников страдало, прежде всего, мирное население, у которого отряды вымогали продовольствие и деньги. Сторонники активных действий и немедленного восстания (Я. Сандански, X. Чернопеев, С. Михайлов и др.) противопоставляли себя более умеренным «верховистам», членам легального Верховного комитета; дело дошло до открытого конфликта. Осенью 1902 г. вспыхнуло восстание в Горна Джумая, в которое было втянуто несколько десятков приграничных сел. В результате его подавления погибло несколько сот человек, а три тысячи беженцев отправились в Болгарию. В первой половине 1903 г. многочисленные террористические акты четников спровоцировали погром болгарского населения в Фессалонике, а затем в Битоли. С января 1903 г. проводилась подготовка крупнейшего за этот период Илинденского восстания, которое явилось пиком борьбы македонских болгар за независимость в первые годы XX в.