Наиболее актуальным вопросом, который нашел свое отражение в НК РФ, явился налоговый федерализм, т. е. распределение полномочий федеральных органов власти, органов власти субъектов Российской Федерации и органов местного самоуправления. Следует обратить внимание на то, что впервые в рамках Налогового кодекса было закреплено, что налог считается установленным лишь в том случае, когда определены законодательно следующие элементы налогообложения, а именно: объект налогообложения, налоговая база, налоговый период, налоговая ставка, налоговые льготы, порядок исчисления налога, порядок и сроки уплаты налога.

Кодекс определил специальные налоговые режимы как особый порядок исчисления и уплаты налогов и сборов в течение определенного периода времени. К специальным налоговым режимам относятся: системы налогообложения в виде единого налога на вмененный доход для определенных видов деятельности, упрощенная система налогообложения, система налогообложения в свободных экономических зонах, система налогообложения при выполнении договоров концессии и соглашений о разделе продукции, система налогообложения для сельскохозяйственных товаропроизводителей.

Также в НК РФ подробно регламентируются виды налоговых правонарушений и ответственность за их совершение. Важно отметить, что по сравнению с ранее действовавшим законодательством НК РФ значительно снизил размер налоговых санкций, однако они стали разнообразнее. Последний раздел НК РФ посвящен вопросам обжалования актов налоговых органов и действий или бездействия их должностных лиц.

Налоговым кодексом установлено, что процесс налогообложения отдельных субъектов должен начинаться с постановки на учет в налоговых органах по месту нахождения организации, месту нахождения ее обособленных разделений, месту жительства физического лица, а также по месту нахождения принадлежащего им недвижимого имущества и транспортных средств, подлежащих налогообложению.

Филиалы и иные обособленные подразделения российских организаций исполняют обязанности этих организаций по уплате налогов и сборов по месту нахождения этих филиалов и иных обособленных подразделений.

Принципиальным моментом для юридического признания субъекта экономической активности в качестве самостоятельного налогоплательщика является тот факт, что налогоплательщиками или плательщиками сборов могут быть признаны только организации и физические лица, а филиалы и обособленные подразделения, имеющие баланс и расчетный счет и имевшие ранее статус самостоятельных налогоплательщиков, не имеют этого статуса. Налоговый кодекс предусматривает возможность уплаты этими подразделениями налогов только в качестве исполнения надлежащих обязанностей головной организации по месту нахождения филиалов и других обособленных подразделений. Таким образом, все обязанности налогоплательщика возложены Налоговым кодексом на организацию, учредившую данные обособленные подразделения, поскольку только организация (юридическое лицо) обладает полной правоспособностью и может полностью отвечать по своим обязательствам перед кредиторами и бюджетом.

Впервые в Налоговом кодексе определено понятие реализации товаров как одного из основных объектов налогообложения. Согласно п. 1 ст. 39 НК РФ реализацией товаров, работ или услуг организацией или индивидуальным предпринимателем признается соответственно передача на возмездной основе (в т. ч. обмен товарами, работами или услугами) права собственности на товары, результатов выполненных работ одним лицом для другого лица, возмездное оказание услуг одним лицом другому лицу, а в некоторых случаях – на безвозмездной основе.