Новое звучание «еврейский вопрос» приобрел с вторжением нацистов в Польшу, произошедшим в сентябре 1939 г. С началом войны возможности для вынужденной эмиграции сократились, а потом исчезли вовсе, и в то же время с присоединением бывших польских территорий миллионы евреев вошли в состав населения Рейха. За частями вермахта следовали полицейские силы и оперативные группы СС (SS Einsatzgruppen), официальной задачей которых считалось поддержание общественного порядка. Они казнили местных чиновников, интеллигенцию, уголовников, предполагаемых партизан и других граждан, представлявших потенциальную угрозу безопасности. Евреи подвергались казням под предлогом их принадлежности ко всем этим подозрительным группам, как преступники и носители нездоровой или подрывной идеологии. Эти действия быстро переросли в стихийные массовые расстрелы евреев и поляков в первые недели войны[13].

Тем не менее в то время официально конечной целью нацистской политики в отношении евреев оставалось их изгнание[14]. Евреев собирали в гетто для «контроля и последующей депортации»[15]. Этнических немцев, живших за пределами расширившегося Рейха, репатриировали и расселяли на землях, конфискованных у поляков и евреев, причем последних предполагалось изгнать в «еврейскую резервацию» на присоединенной польской территории[16]. Восточный вал (Ostwall) отделил бы эту территорию от Германии, и передвижение демаркационной линии дальше на восток, как полагал Гитлер, возможно было лишь «спустя десятилетия»[17]. Однако очень скоро стало ясно, что столь массовое перемещение населения – задача проблематичная, и вопрос, что делать с евреями, встал с новой силой.

Попытки преодолеть возникающие помехи приводили к конфликтам между нацистским руководством и местными чиновниками, и в результате высылка застопорилась[18]