В свете этих требований и был составлен Мегарский указ 432 г. до н. э. (или так называемая Мегарская псефизма), которым был введен полный экономический бойкот острова Мегара, поскольку мегарцы «осквернили» афинские храмы и укрывали рабов, бежавших из Афин. Перикл был опять же загнан в угол. Отказ от бойкота привел бы к ослаблению его позиций в Афинах и показал бы Спарте, что спартанцы могут наносить ущерб афинским владениям в других местах. Если бы Спарта не стала следовать этому курсу, решили бы, что спартанский царь Архидам II ставит личную дружбу с Периклом выше интересов полиса. Народы призывали обоих лидеров действовать, проводя политику, которую каждый из лидеров считал опасной и ведущей к дестабилизации. С точки зрения и Фукидида, и таких современных историков, как Аллен, ловушка возникает даже тогда, когда лидеры осознают опасности, но обстоятельства заставляют их действовать определенным образом, который в других условиях был бы иррациональным и опасным. По рассказу Фукидида, после одного бурного спора партия войны в Спарте одержала победу и голосованием было принято решение начать войну, поскольку спартанцы боялись, что Афины станут самой сильной державой в греческом мире.

Силы Спарты вторглись в Аттику и начали опустошать афинские территории и владения. Афинская стратегия, разработанная главным стратегом Периклом, состояла в том, чтобы укрыться за городскими стенами и, полагаясь на богатство города и флот, поджидать спартанцев, совершая при этом морские набеги, но не вступать в прямые столкновения. Стратегия и лидерство Перикла – одна из главных тем в повествовании Фукидида. «Надгробная речь» Перикла и следующие за ней речи – прославление афинского богатства, силы и политической мудрости, но в то же время косвенная апология консервативного курса самого Перикла. Однако в 430 г. до н. э. Афины поразила вспышка чумы, от которой погибла примерно треть афинского населения (Фукидид тоже ее подхватил, но выжил, что придает дополнительное значение тому, как у него обсуждается это событие). Чума поставила под вопрос мудрость стратегии Перикла. Она ярко высветила важные качества афинской политической культуры, которые мы будем исследовать далее. После чумы Перикла сняли с должности, а его противники попытались заключить мир со Спартой, но не добились успеха. В результате этой неудачи Перикла снова избрали, но в 429 г. до н. э. он умер от последствий чумы.

Заключительный промежуток первой войны (429–421 гг. до н. э.) и Никиев мир характеризовались борьбой различных афинских фракций, стремившихся занять лидерские позиции в отсутствие Перикла, а также поисками нового военного курса. В 428 г. до н. э. город Митилена на Лесбосе взбунтовался против афинян, что вызвало у последних опасение в общем развале Афинской империи. Митиленский бунт завершился неудачей, однако он стал началом для знаменитого спора о наказании митиленцев (подробнее мы обсудим его далее). В споре участвовал и Клеон, ставший лидером партии войны. Клеон – герой, которого Фукидид, очевидно, не уважал, однако изобразил его в качестве представителя более агрессивной стратегии, которая привела к победе в Пилосе. Эта стратегия была продолжена Клеоном, а на спартанской стороне ее аналог развивался военачальником Брасидом. Они сошлись друг с другом в битве под Амфиполем в 422 г. до н. э. Брасид руководил захватом Амфиполя, отбитого у афинян, тогда как Фукидид был военачальником, отвечавшим за расположенный неподалеку афинский флот. Поражение в этой битве привело к обвинению Фукидида в предательстве и изгнанию из Афин, когда он и стал писать свою историю. Клеон руководил экспедицией, нацеленной на то, чтобы снова отобрать Амфиполь у Брасида; и он, и Брасид погибли в этой битве, причем победа досталась спартанцам. В результате смерти двух протагонистов обеих сторон, поддерживавших агрессивную политику, партия мира в Афинах (которой руководил Никий) стала требовать мирного договора, что ознаменовало конец первой части войны, которую часто называют Архидамовой войной.