Следовательно, министр юстиции как представитель исполнительной власти был наделен большими полномочиями, сопряженными с упорядочением и функционированием судебной системы. В сфере контроля за поведением судей немало полномочий получил Судебный департамент при Министерстве юстиции. Данному департаменту было поручено осуществлять координационную деятельность аналитического характера, а также предоставлено право на выполнение конкретных административных действий – осуществлять проверки судов. Однако основная задача по администрированию деятельности судов и судей была возложена на председателей судов, при этом звенья исполнительной власти сохранили сильный контроль. Как упоминалось, основными направлениями административной деятельности в тот период было устранение случаев волокиты дел, поиски резервов более оперативного рассмотрения дел. В упомянутых Положениях указывалось, что в случае рассмотрения дела в апилинковом суде более трех месяцев, а в окружном суде – более шести месяцев председатель соответствующего суда должен принять меры по выявлению причин волокиты, а при необходимости дать указания по устранению таких причин или представить директору Судебного департамента материалы по поводу обращения к министру юстиции относительно возбуждения дисциплинарного дела. Если рассмотрение дела в апилинковом суде продолжалось более шести месяцев, а в окружном – более одного года, председатель соответствующего суда ежемесячно должен был информировать об этом Судебный департамент. Следовательно, представлялись регулярные отчеты о случаях волокиты дел с указанием причин такой волокиты. Судебный департамент принимал решения о необходимости обращения к министру юстиции по поводу возбуждения дисциплинарного дела.

Еще Ш. Монтескье писал, что все пропадет, если то же лицо или учреждение будут осуществлять все три власти – издавать законы, их выполнять или судить за совершение преступлений, а также решать споры индивидов [13]. Поэтому нет ничего удивительного в том, что данное распределение полномочий власти и их претворение в жизнь впоследствии вызвали сомнения по поводу соответствия положений Закона «О судах», регламентирующих отношения судов с другими органами или сотрудниками государственной власти, Конституции. Поэтому группа членов Сейма обратилась по этому вопросу в Конституционный Суд Литвы, который в Постановлении от 21 декабря 1999 г. [14] (некоторые положения данного Постановления позже были разъяснены решением Конституционного Суда от 12 января 2000 г. [15]) констатировал, что положения Закона «О судах» в части предоставления полномочий министру юстиции наделяют данное должностное лицо не предусмотренными Конституцией правами, в них отсутствует явное отграничение судебной деятельности от исполнительной власти, а администрирование судов и применение дисциплинарных мер надлежаще не организованы, чем нарушается реальная независимость судей. В данном Постановлении Конституционный Суд отметил, что «организационная самостоятельность и самоуправление судов – это важные гарантии реальной независимости судебной власти», а «для обеспечения независимости судов и судей особенно важно явное отграничение судебной деятельности от исполнительной власти», для исполнительной власти «могут устанавливаться лишь полномочия, обеспечивающие условия для судебной деятельности», поэтому «администрирование судов и применение дисциплинарных мер в отношении судей следует организовать так, чтобы не была нарушена реальная независимость судей». С учетом этого Конституционный Суд признал, что, «наделив министра юстиции полномочиями назначать заместителей председателей и председателей отделов соответствующих судов», он создал «предпосылки сотруднику исполнительной власти вмешаться в назначение должностных лиц судов, а вместе с тем и в судебную деятельность». Кроме того, Конституционный Суд также отметил, что правовым регулированием, которым предусмотрено, что судей участковых и окружных судов назначает Президент Республики по представлению министра юстиции и по рекомендации Совета судов, «нарушается установленный Конституцией порядок формирования корпуса судей, что создает условия для вмешательства в компетенцию Президента Республики специального органа судей, предусмотренного Конституцией». Конституционный суд высказался и относительно соответствия Конституции утвержденного в Законе о судах права министра юстиции устанавливать количество судей, указывая, что «отнесение вопросов организации судебной деятельности министру юстиции следует расценивать как нарушение самостоятельности судебной власти, создающее предпосылки для вмешательства сотрудника исполнительной власти в организацию внутренней деятельности судов, а вместе с тем и в судебную деятельность».