Но когда расчет ведется по всем маркерам сразу, а не его индивидуальным величинам, то число аллелей и мутаций в них идет на тысячи, и погрешность получаемого «возраста» резко снижается, но никогда не становится меньше, чем погрешность определения константы скорости мутации. Последняя обычно принимается за ±10 %, хотя определенно меньше этой величины, как пояснено выше.
Вопрос 55: Что такое «снип» в ДНК-генеалогии?
СНИП, «гаплогруппо-образующая мутация», от английского сокращения SNP (Single Nucleotide Polymorphism), практически необратима, происходит, как правило, на одном нуклеотиде, превращая один нуклеотид в другой, несвойственный для данной последовательности ДНК. Это приводит к появлению своебразной «метки», которая практически навсегда наследуется потомками. Именно поэтому каждый род (в понятиях ДНК-генеалогии) носит характерную метку и может быть надёжно и количественно отличим один от другого. Снипы обозначают индексами, например, Z280 (это – «входная» мутация для ДНК большинства этнических русских гаплогруппы R1a), M343 («входная» мутация в гаплогруппу R1b), L21, что эквивалентно снипу S145 (мутация, определяющая один из наиболее распространных субкладов в центральной и западной Европе), и так далее. Первая буква снипа показывает, в каком научном коллективе снип идентифицирован. Наиболее используемые индексы следующие:
• М, лаборатория под руководством Peter Underhill, Stanford University (США);
• Р, лаборатория, руководимая Michael Hammer, University of Arizona (США);
• S, лаборатория, руководимая James F. Wilson, Edinburgh University (Шотландия);
• L, исследовательский центр под названием Family Tree DNA's Genomics Research Center (США).
• U, университет центральной Флориды (Lynn M. Sims и Jack Ballantyne) и университет Gonzaga (Dennis Garvey);
• V, университет La Sapienza, Rosaria Scozzari and Fulvio Cruciani (Рим, Италия);
• CTS, лаборатория Chris Tyler-Smith, The Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton (Англия)
• Page, David C. Page, Whitehead Institute for Biomedical Research
• Z и DF, международная группа независимых исследователей, работающих с геномными базами данных
• А, Thomas Krahn, YSEQ.net, Houston, Texas (США)
• FGC, Full Genomes Corp. of Virginia and Maryland (США)
• Y и YP, группа независимых исследователей Y Full Team, работающих с геномными данными
• BY, группа Big Y, компания Family Tree DNA, Houston, Texas (США)
• F, лаборатория Li Jin, Fudan University, Shanghai (Китай)
• KMS, группа российских и международных исследователей
• N, лаборатория биоинформатики, Institute of Biophysics, Chinese Academy of Sciences, Beijing (Китай)
• PK, Biomedical and Genetic Engineering Laboratories, Islamabad (Пакистан).
Вопрос 56: Как измеряют скорости мутаций в ДНК-генеалогии?
СКОРОСТЬ МУТАЦИИ, средняя частота изменения числа повторов в маркере, обычно измеряется в числе мутаций на условное поколение в 25 лет. Средняя скорость мутаций составляет 0.00167 и 0.00183 на маркер на условное поколение для первых 12-ти и 25-ти маркеров в стандартном формате гаплотипов (см. выше), соответственно. Для первых 37-и маркеров средняя скорость мутаций составляет 0.00243 на маркер на поколение, для первых 67, 111 и 409 маркеров (см. ниже) – 0.00178-0.00179 мутаций на маркер на поколение. В неопределённых ситуациях для полуколичественной оценки часто принимается в виде «канонической» величины 0.002 мутаций на маркер на условное поколение.
В реальных условиях скорости мутаций иногда измеряют по мутациям в гаплотипах в одном поколении на большом числе пар отец-сын. Однако полученные данные не могут быть использованы для практических расчетов, так как даже при столь большом количестве, как 1700 пар отец-сын почти в половине изученных маркеров мутаций или не наблюдалось (и таких маркеров было большинство), или наблюдались всего одна-две мутации, что явно не дает приемлемой статистики.