К недостаткам Закона об ЭЦП нужно также отнести отсутствие в его положениях основных принципов, реализуемых в иностранном законодательстве и международном праве при осуществлении правового регулирования электронных подписей (ЭП). Речь идет в первую очередь о таком принципе, как «технологическая нейтральность» законодательства, правовое признание различных видов электронной подписи, свободное использование средств ЭП, аккредитация удостоверяющих центров.

По справедливому мнению Н.И. Соловяненко, правовое признание любых электронных аналогов собственноручной подписи и юридическая сила последних не ограничиваются в зависимости от применяемой технологии.[12]

Кроме того, Закон об ЭЦП не согласован с иными законодательными актами РФ, в том числе о лицензировании отдельных видов деятельности и техническом регулировании, что значительно снижает эффект его регулирующего воздействия на общественные отношения в соответствующей сфере.

В рамках общей характеристики Закона об электронной подписи необходимо обратить внимание на отдельные положительные моменты по сравнению с законодательством 2002 г. В частности, устранены отдельные пробелы и неточности Закона об ЭЦП. Например, требования к средствам электронной подписи приведены в соответствие с законодательством Российской Федерации о техническом регулировании.

Законом определен перечень информации, подлежащей хранению в удостоверяющем центре, в том числе всех данных, позволяющих при необходимости осуществлять оперативно-розыскную деятельность. В качестве позитивных изменений нужно отметить процедурный характер Закона и обеспечение его прямого действия, что достигается максимально возможным сокращением актов, направленных на реализацию механизма его действия. Отдельного внимания заслуживают порядок признания иностранных электронных подписей для каждого вида электронных подписей, что обеспечивает решение вопросов, связанных с оформлением внешнеторговых сделок и участием российских компаний в международной торговле.

Между тем нельзя оставить без внимания несколько ограниченный, по сравнению с международными примерами, способ использования электронных подписей. В этом контексте следует также указать, что практика развитых стран по сравнению с российским законодательством более демократично подходит к решению вопросов форм электронных подписей. В частности, в США, согласно Закону об электронных подписях в мировой и национальной торговле (Electronic Signatures in Global and National Commerce Act), электронной подписью является любой электронный звук, символ или процесс, прикрепленный либо логически связанный с договором либо иным документом и осуществленный либо примененный лицом с намерением подписать документ.[13]

В этой связи в рамках отдельных законодательных инициатив опыт иностранных государств предлагалось учесть в российском праве в одном из проектов федерального закона «Об электронной подписи» (внесен депутатом Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации IV созыва С.В. Житинкиным), который был отклонен Госдумой 16 октября 2007 г.

Специалисты, тем не менее, рассматривают различные варианты электронных подписей, не сводя их только к графической имитации обычной рукописной подписи. Это может быть звук, символ или процесс. Они могут представлять собой, по мнению Н.А. Иванова, «воспроизведение записи голоса, отправленной либо полученной через Интернет, сканирование сетчатки глаза, отпечаток пальца, который послан с помощью электроники, рукописную подпись, отсканированную графически, частный номер (типа PIN) или даже сообщение электронной почты, в котором человек напечатает его или ее имя»