Непосредственное руководство военизированными и сторожевыми подразделениями осуществляют командиры воинских частей (начальники военных объектов).

Такие подразделения ведомственной охраны, как отряды, команды, группы, отделения, могут находиться в непосредственном подчинении главнокомандующего видами Вооруженных Сил РФ, командующего войсками военных округов, флотами, командующего родами войск Вооруженных Сил РФ, начальников главных и центральных управлений Министерства обороны РФ, командующих армиями, флотилиями, командирам корпусов.

Подразделения ведомственной охраны могут стать отдельными командами (группами), если они не входят в состав основных отрядов, групп и команд.

На основании директив министра обороны РФ и Генерального штаба Вооруженных Сил РФ осуществляется формирование (расформирование) подразделений ведомственной охраны. Такие директивы могут быть разработаны на основе предложений, подаваемых в установленном порядке:

главнокомандующими видами Вооруженных Сил РФ;

командующими войсками военных округов (флотами);

командующими родами войск Вооруженных Сил РФ;

начальниками главных и центральных управлений Министерства обороны Российской Федерации.

Формирование военизированного или сторожевого подразделения ведомственной охраны предусматривает:

организацию работы по набору гражданского персонала;

комплектование подразделений работниками и организацию их учета;

определение места для хранения оружия и боеприпасов (комнаты для хранения оружия и боеприпасов) подразделения ведомственной охраны;

распределение помещений между подразделениями ведомственной охраны и их оборудования;

обеспечение необходимым имуществом и инвентарем;

обеспечение подразделения ведомственной охраны денежными и материальными средствами, документами, книгами учета и бланками;

постановку на вещевое довольствие;

организацию работы руководства подразделения, предусмотренного штатом;

организацию делопроизводства;

оформление материалов на право допуска работников ведомственной охраны к работам и документам;

представление заявок и обеспечение вооружением и имуществом подразделения ведомственной охраны в соответствии с его штатом и табелем к штату;

организацию деятельности в соответствии с требованиями нормативных документов;

планирование и проведение занятий с работниками подразделения ведомственной охраны;

создание учебно-материальной базы, обеспечение учебной литературой, плакатами и пособиями.

Организация учета работников подразделений ведомственной охраны осуществляется на основании:

штата (штатного перечня, расписания);

приказов начальника военного объекта ведомственной охраны;

других учетных документов.

На начальника подразделения ведомственной охраны, а на военном объекте – на начальника военного объекта возлагается ответственность за организацию и состояние учета.

Расформирование подразделения ведомственной охраны производится на основании приказа вышестоящего начальника. Этим же приказом назначается соответствующая комиссия, акт о результатах работы которой представляется на утверждение начальнику, издавшему такой приказ.

Каждое военизированное подразделение, а также подразделение воинских частей и организаций Вооруженных Сил Российской Федерации определяют свою структуру самостоятельно, формируя штат. Сформированный штат подлежит утверждению в установленном порядке, а работники ведомственной охраны содержатся за счет средств федерального бюджета, выделяемых Министерству обороны Российской Федерации.

Сторожевые подразделения также определяют свою структуру штатами, штатными перечнями, которые подлежат утверждению в установленном порядке, а также штатными расписаниями соединений, воинских частей и организаций Вооруженных Сил Российской Федерации.