С момента вступления в силу Закона о регистрации утратили свою значимость нормативные правовые акты, принятые на уровне субъектов РФ. Если до 1 июля 2002 г. ими регулировалась наибольшая часть вопросов, то в соответствии с действующим законодательством региональные акты могут носить лишь организационно-технический характер, например регулировать вопросы о предоставлении помещений для надлежащего осуществления государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей, о дополнительных мерах по передаче регистрационных дел и т. п. Важным в этом смысле является Определение Верховного Суда РФ от 5 апреля 2006 г. по делу № 11-Г06-5В, в котором подчеркивается право субъектов РФ издавать нормативные акты, определяющие, например, технологии взаимодействия заявителя с регистрирующим органом и организациями – участниками регистрации в целях значительного сокращения временных затрат заявителя на его регистрацию «при полном соблюдении принципов и порядка, предусмотренных федеральным законом».

В соответствии с постановлением Правительства РФ от 17 мая 2002 г. № 319 (с изменениями и дополнениями), принятым во исполнение комментируемого Закона, функции уполномоченного федерального органа исполнительной власти, осуществляющего с 1 июля 2002 г. государственную регистрацию юридических лиц, а с 1 января 2004 г. – государственную регистрацию физических лиц в качестве индивидуальных предпринимателей, а также государственную регистрацию крестьянских (фермерских) хозяйств, были возложены на Министерство РФ по налогам и сборам.

Правительство РФ выбрало МНС России в качестве федерального органа исполнительной власти, уполномоченного осуществлять государственную регистрацию юридических лиц, по нескольким причинам. В России до 1 июля 2002 г. функционировало около 4500 регистрирующих органов, каждый из которых осуществлял регистрацию юридических лиц, выдавал документы о государственной регистрации, формировал государственные реестры, руководствуясь правилами, утвержденными органами исполнительной власти соответствующего субъекта РФ, т. е. единой процедуры и единых требований к исполнению государственной регистрации, установленных федеральными законами, не было.

В сложившейся ситуации назрела необходимость установления единой процедуры регистрации, удобной для заявителя и осуществляемой в сжатые сроки регистраторами, утверждения единого образца регистрационного документа и создания единого государственного реестра юридических лиц (ЕГРЮЛ) и единого государственного реестра индивидуальных предпринимателей (ЕГРИП), введения принципа открытости и доступности ЕГРЮЛ (ЕГРИП) для каждого. Необходимо было принять решение по выбору такого федерального органа исполнительной власти, который имел бы разветвленную сеть территориальных органов, имеющих навыки работы по выполнению схожих функций с использованием единых программных технических комплексов. Всем этим требованиям отвечало Министерство РФ по налогам и сборам.

С первых дней создания налоговой системы налоговые органы осуществляли учет налогоплательщиков (юридических и физических лиц), располагали опытом ведения единого для всех уровней (федерального, регионального, местного) государственного информационного ресурса – единого государственного реестра налогоплательщиков (ЕГРН).