В марте 1941 года Гитлер тайно принял решение и разработал новую концепцию войны, традиционные правила ведения которой были отодвинуты в сторону. Эта война, по его мнению, должна была быть жестокой и предполагала абсолютное истребление противника. В соответствии с этим Кейтель издал печально известный драконовский «приказ о комиссарах», согласно которому все политработники Красной Армии подлежали полному и безоговорочному физическому уничтожению. Подпись Кейтеля появилась и под другим приказом, изданным в июле 1941 года и предусматривавшим переход всей политической власти на оккупированных территориях на Востоке в ведение рейхсфюрера СС Генриха Гиммлера. Этот приказ был, по сути дела, прологом к геноциду.

Кейтель безуспешно пытался смягчить некоторые формулировки в приказах фюрера, но продолжал выполнять их. Он был безоговорочно предан Гитлеру, и тот нещадно эксплуатировал их отношения. Генеральный штаб Гитлера издал целую серию приказов, направленных на ослабление сопротивления Страны Советов. Среди них были инструкции, согласно которым, за каждого погибшего на оккупированной территории немецкого солдата следовало расстреливать 50–100 коммунистов[5]. Эти приказы исходили от Адольфа Гитлера, но под ними стояла подпись Вильгельма Кейтеля.

Провал планов Германии достичь быстрой и решительной победы над Россией навлек на генералов гнев Гитлера и, заставил его принять еще более жесткие меры. Кейтель смиренно сносил произвол Гитлера и продолжал подписывать печально знаменитые приказы, такие, как приказ от 7 декабря 1941 года «Nacht und Nebel» («Мрак и туман»), согласно которому «лица, представляющие угрозу для безопасности рейха, должны бесследно исчезнуть в мраке и тумане». Вся ответственность за выполнение этого приказа была возложена на СД. Под прикрытием этого приказа были тайно уничтожены многие члены Сопротивления и антифашисты[6]. В большинстве случаев их тела так и не были обнаружены.

Хотя временами шеф ОКВ и подавал слабый голос против предложений Гитлера, он все же оставался крайне предан ему и представлял собой именно тот тип личности, который Гитлер предпочитал иметь, в своем окружении. К несчастью, поведение Кейтеля самым неблагоприятным образом сказывалось на его подчиненных. Кейтель никогда не выступал в их защиту и по любому поводу предавал воле фюрера[7]. За такую нерешительность многие офицеры называли его «лакейтель».

20 июля 1944 года в ставке Гитлера «Вольфшанце» проходило совещание, во время которого полковник граф Клаус фон Штауффенберг подложил под стол, на котором лежала карта, портфель с бомбой. В 12.42 пополудни она взорвалась. Шеф ОКВ на мгновение был оглушен. Но как только Кейтель пришел в себя, сразу же бросился к Гитлеру с криком: «Мой фюрер! Вы живы?» Он помог Гитлеру подняться на ноги и крепко обнял его. Поддерживая покачивавшегося фюрера, Кейтель вывел его из заваленного обломками конференц-зала. После провала покушения Кейтель еще больше сблизился с Гитлером. Как заметил Альберт Шпеер, Кейтель стал опорой Гитлера[8]. Проводя мероприятия по ликвидации переворота, шеф ОКВ не знал жалости. Он арестовал начальника связи генерала Эрика Фелльгибеля и отдал приказы об аресте генерал-оберста Фридриха Фромма, командующего резервной армией фельдмаршала Эрвина фон Вицлебена. Кейтель не проявил никакой жалости к «неверным» офицерам, таким, как фельдмаршал Эрвин Роммель, к которому он всегда испытывал неприязнь[9].

В последние месяцы войны, когда Советы вели наступление на Берлин, Кейтель издает приказы, направленные против «террористической деятельности» врага