Участвовал в походе Красной армии в Бессарабию 1940 года.

С августа 1940 года- командир тяжёлого танкового батальона 29-го танкового полка 15-й танковой дивизии, Харьковский военный округ.

Начало Великой Отечественной войны встретил в занимаемой должности.

Воевал на Южном фронте, был в окружении, вышел в районе гор. Яготин Киевской области.

С сентября 1941 года- командир 1-го танкового батальона 4-й танковой бригады.

С мая 1942 года- заместитель командира 193-й танковой бригады.

В конце октября 1942 года бригада была выведена в гор. Горький и переформирована в 193-й отдельный танковый полк, а подполковник П. Д. Бабковский утверждён его командиром.

С 30 апреля 1943 года- командир 109-й танковой бригадой 16-го танкового корпуса Центрального фронта [67].

1 сентября 1943 года, приказом войскам Центрального фронта №175/н, командир 109-й танковой бригады (16-й танковый корпус, 2-я танковая армия, Центральный фронт), подполковник П. Д. Бобковский был награжден орденом «Отечественной войны» 1-й степени.

Краткое, конкретное изложение личного боевого подвига или заслуг:

«Товарищ Бобковский, за время нахождения бригады в резерве фронта подготовил личный состав бригады и материальную часть к предстоящим боям хорошо и результат этого положительно сказался в период боевой деятельности бригады. Бригада представлена к званию „Гвардейская“. С 6 по 15 августа 1943 года бригада находилась в обороне, отражая превосходящие силы противника. Занимаемый рубеж бригады был полностью удержан и бригада ни шагу не отошла назад, при этом нанесла большие потери противнику, как в танках, так и в живой силе. В последующем, бригада участвуя в наступлении в составе корпуса на Александровка, отбила флаговую контратаку противника, силой до батальона пехоты при поддержке 70 танков и нанесла противнику урон, более 25 танков, в дальнейшем бригада участвовала в наступательных операциях, имела успех, при этом несла, относительно, не большие потери в личном составе и материальной части. За период боевой деятельности бригада нанесла противнику потери: уничтожено живой силы противника- около 2000, танков- 29, пушек различных- 46, самоходных пушек- 2, минометов- 17, грузовых- 7» [68].

В апреле 1944 года в районе ст. Тыргул- Фурмос (Румыния) был ранен и эвакуирован в госпиталь.

В августе 1944 года- командующий БТиМВ 6-й армии.

6 мая 1945 года, командующий бронетанковыми и механизированными войсками 6-й армии, полковник П. Д. Бабковский за проявленное мужество, за умелую организацию боевых действий, был награжден орденом «Кутузова» 2-й степени.

Краткое, конкретное изложение личного боевого подвига или заслуг:

«При проведении операции по окружению и уничтожению Бреславльской группировки войск противника, полковник Бабковский, умело организовал взаимодействие частей самоходных установок и танков с пехотой, чем способствовал успеху боев. Находясь непосредственно в боевых порядках войск на месте боев, товарищ Бабковский, направлял усилия СУ и танков на выполнение боевых задач, поставленных командованием армии. За период боев за Бреслау танковые и СУ части нанесли противнику следующие поражения: уничтожено орудий разного калибра- 182, самоходных орудий, бронетранспортеров и танков- 11, различных огневых точек- 692, солдат и офицеров- до 8000. Захвачено: орудий разных- 41, минометов- 89, пулеметов- 297» [69].

С августа 1945 года- командующий БТиМВ Воронежского военного округа.

С июня 1946 года- заместитель командира по БТВ 40-го и 13-го гвардейского стрелковых корпусов, Московский военный округ.

Дата окончания службы- октябрь 1956 года.