Правительство пыталось бороться с этим движением, но эта борьба была безрезультатной. Движение акуто прекратило своё существование, не потому что проиграло правительству, а потому что себя исчерпало – в изменившихся политических и экономических условиях эпох Муромати м Сэнгоку-дзидай оно потеряло всякий смысл своего существования. Впрочем, уже на исходе эпохи Камакура акуто из шаек мятежников, с неопределёнными требованиями, превратились в группы военных наёмников. Даже императорский двор, в годы Кэмму и Намбоку-тё, стал привлекать акуто на свою сторону, в борьбе за власть.

Впервые термин «синоби» в значении лазутчика стал использоваться в воинской повести (гунки) «Тайхэйки» («Повесть о великом мире»), рассказывающей о событиях годов Кэмму (1331—1336 гг.), когда император Годайго (годы правления 1313—1339) сверг диктатуру сиккэнов Ходзё, узурпировавших власть. В это время императору служил знаменитый полководец Кусуноки Масасигэ (1294—1336 гг.), который одним из первых в Японии, стал активно пользоваться услугами ниндзя, и даже основал свою школу. По крайней мере, в периоды Сэнгоку-дзидай (1477—1573 гг.), Адзути-Момояма, и в начале периода Эдо (1603—1868 гг.), были известны целых две школы, носящие название Кусуноки-рю, и ряд школ восходящих к традиции Кусуноки-рю. Кусуноки использовал в качестве лазутчиков ямабуси, и горных разбойников (акуто) из Ига. В «Бансэнсюкай» говорится:

Кусуноки Масасигэ

Также и принц Моринага (1308—1335 гг.) использовал ямабуси и акуто в борьбе против Асикага Такаудзи, нового узурпатора, основавшего сёгунат Муромати. Асикага Такаудзи сначала служил дому Ходзё, потом переметнулся на сторону мятежного императора Годайго, и также как и Кусуноки, сделал многое для свержения Ходзё. Он ожидал, что оператор сделает его сёгуном, но титул Сэйи Тайсегун достался принцу Моринага, и раздосадованный полководец, собрав сторонников из провинциальных феодалов, не желавших прямого императорского правления, учинил новую смуту. Принц Моринага прознал о планах Асикага, и, наняв отряд акуто, стал готовить на него покушение. Летописи говорят, что в это время по Киото прокатилась волна бессмысленных тайных убийств, жертвами которых стали мелкие чиновники, купцы и простолюдины. Это наёмники Моринага отрабатывали тактику покушения на Асикага Такаудзи, чем наводили ужас на жителей Киото. Моринага начал на Такаудзи настоящую охоту, однако из охотника он сам очень быстро превратился в жертву – Асикага оказал давление на императорский двор, с требованием выдать ему принца-заговорщика.

Участие ямабуси и акуто из Ига в подобных политических авантюрах, видимо и послужило причиной появления такого искусства как ниндзюцу. Этот период, известный в историографии как Намбоку-тё («Период Южного и Северного дворов» 1336—1392 гг.), послужил едва ли не главной исторической предпосылкой возникновения этого искусства. Именно в период Намбоку-тё, и в последующий период Муромати (1336—1573 гг.), происходит выделение методов разведки и диверсионной войны в самостоятельную сферу военного дела, происходит появление не только теории шпионажа – такая теория уже существовала в свитках китайских трактатов, но и появление специфической системы подготовки лазутчиков. Напряженная политическая обстановка требовала от сторон конфликта знание планов друг друга. И та и другая сторона в этих целях использует военных наёмников – банды акуто и обычных разбойников-нусубито. Причина здесь в том, что именно специалисты по воровскому ремеслу, могли с легкостью проникать в дома и в замки. А акуто, были к тому же не просто разбойниками, они были в большинстве, дзи-дзамурай – т.е. самураями, обладавшими земельным наделом, и как самураи, пусть и низкоранговые они прекрасно разбирались в вопросах военного искусства. Также, для сбора информации, и та и другая сторона, привлекала ямабуси, так как они путешествовали по всем провинциям, общались с народными массами и находились в курсе всех событий. Надо сказать, что большая часть ямабуси и акуто поддерживали Южный двор, так как считали Северный двор марионеткой в руках сёгуната, и не признавали его легитимность. К тому же акуто, выступая в прошлом против Ходзё, в новом сёгунате видели таких же Ходзё, считая, что сменились лишь декорации, а реальное положение дел осталось тем же. Переход акуто от простого бунта и разбоя к военному наёмничеству, стал причиной выделения из среды дзи-дзамурай, входивших в эти шайки, семей, основным занятием которых стал шпионаж и диверсии за деньги.