Крупномасштабные антисоветские выступления начались в Омском Прииртышье в мае 1918. После вооруженных столкновений отрядов Красной гвардии с чехословаками (Марьяновские бои) большевики оставили Омск, увезя с собой всю городскую казну (280 млн. рублей). С лета 1918 Омск стал центром антисоветского движения в Сибири. Вначале его своей резиденцией сделал Западно-Сибирский комиссариат, представлявший интересы Временного правительства автономной Сибири. В конце июня 1918 Западно-Сибирский комиссариат был упразднен, а в Омск прибыло Временное Сибирское правительство, в состав которого вошли П. В. Вологодский – председатель Совета министров, В. М. Крутовский – министр внутренних дел, Г. Б. Патушинский – министр юстиции, И. А Михайлов – министр финансов и М. Б. Шатилов – министр туземных дел. Временное Сибирское правительство объявило о денационализации промышленных предприятий, восстановлении частного землевладения, дореволюционных судов и административных учреждений. Претендуя на всю полноту власти в Сибири, Временное Сибирское правительство вступило в конфронтацию с Сибирской областной думой, находившейся в Томске. Кульминационным моментом этой борьбы стал арест в ночь на 21 сентября 1918 в Омске членов Временного Сибирского Правительства В. М. Крутовского и М. Б. Шатилова, поддерживавших Сибирскую областную думу, председателя Думы И. А. Якушева и известного сибирского областника А. Е. Новоселова. Вскоре после этого инцидента Сибирская областная дума была распущена.

К осени 1918 большая часть территории Сибири находилась под контролем Временного Сибирского правительства. Но оно претендовало теперь уже и на роль Всероссийского правительства. Однако на Государственном совещании в Уфе 23 сентября 1918 в результате компромисса между различными политическими силами, представлявшими антибольшевистский лагерь в России, была создана временная всероссийская власть в лице Уфимской директории. В её состав реально вошли Н. Д. Авксентьев, В. Г. Болдырев, В. А. Виноградов, П. В. Вологодский и В. М. Зензинов. Своей резиденцией директория избрала Омск, куда и прибыла 9 октября 1918. В начале ноября указом директории был создан Совет Министров (Временное Всероссийское правительство), в состав которого вошли главным образом министры Временного Сибирского правительства. Уфимская директория сохранила все акты Временного Сибирского правительства, а в качестве главных задач выдвигалась борьба за свержение Советской власти, аннулирование Брестского мира и продолжение войны со странами австро-германского блока.

Но в результате государственного переворота 18 ноября 1918 в Омске власть Уфимской директории была упразднена. Верховным правителем России стал А. В. Колчак, а исполнительная власть перешла к Российскому правительству, состоявшему в основном из членов бывших Временного Сибирского и Временного Всероссийского правительств. Вся деятельность Верховного правителя и Российского правительства была направлена на реставрацию порядков, существовавших в России до большевиков. Резиденцией Верховного правителя и Российского правительства вновь был избран Омск. Здесь же находились Совет Верховного правителя, Государственное экономическое совещание, Правительствующий Сенат, командование Сибирской армией и другие органы власти белой России, а также золотой запас России. В Омске находились и иностранные представители: Высокие Комиссары Реньо (Франция) и Эллиот (Англия), генеральные консулы Мацушима (Япония) и Гаррис (США), а также военные представители Жанен (Франция), Нокс (Англия), Скайлор (США).