Идущая на помощь армия из Сирии вскоре подошла к восточной границе Египта и, взяв Пелусий штурмом, дала сражение царским войскам недалеко от устья Нила. Египтяне были с легкостью разгромлены, и захватчики пошли по восточному краю дельты Нила в сторону Мемфиса (неподалеку от современного Каира), ниже которого они переправились на западный берег Нила. После этого юный Птолемей, не ожидая пощады от Цезаря, бесстрашно встал во главе тех войск, которые можно было отвлечь от осады Александрийского дворца, и пересек дельту, чтобы скрестить мечи с Митридатом и его союзниками. Как только он ушел из города, Цезарь, оставив небольшой гарнизон во дворце, вышел на кораблях из гавани с таким количеством солдат, какое могло разместиться на его кораблях, и двинулся на восток, как будто направляясь к Пелусию. Однако под покровом темноты он повернул в противоположном направлении и еще до рассвета высадился на пустынном берегу в нескольких милях к западу от Александрии. Так Цезарь с легкостью перехитрил египтян и, кстати, продемонстрировал, что на протяжении всей осады он мог по своему желанию абсолютно свободно приходить и уходить по воде. Идя вдоль западной границы пустыни, как его союзники из Сирии прошли раньше вдоль ее восточной границы, Цезарь соединился с ними на юге дельты севернее Мемфиса и немедленно развернулся, чтобы атаковать приближающуюся египетскую армию. Узнав о приближении римлян, Птолемей укрепился на сильной позиции у подножия кургана, где Нил был у него с одного фланга, а болото – с другого, а впереди него находился искусственный канал. Но союзники после двухдневного сражения обошли его позиции и добились полной победы. Обходной маневр был доверен некоему Карфулену, который впоследствии пал в сражении при Мутине, воюя против Антония, и этот военачальник сумел прорваться в лагерь египтян. При его приближении Птолемей прыгнул на борт одного из кораблей, которые стояли на якоре в Ниле, но вес беглецов, которые последовали его примеру, потопил судно, и молодого царя больше никто живым не видел. Говорят, что его тело было впоследствии опознано по золотому нагруднику, который носил юный Птолемей и который, несомненно, своим весом способствовал его быстрой смерти. Его трагический конец в возрасте пятнадцати лет освободил Цезаря от смущающей необходимости либо простить Птолемея XII и сделать соправителем Клеопатры, согласно условиям завещания его отца, либо привезти его пленником в Рим и предать смерти, как это было принято, после очередного триумфа Цезаря. Мальчик предвидел судьбу, которая была ему выбрана, когда со слезами умолял позволить ему остаться во дворце. А его внезапная смерть в мутных водах Нила положила конец жизни, которая за последние годы была невыносимо омрачена знанием того, что его существование является препятствием для жестоких честолюбивых замыслов Цезаря, и ужасом перед неминуемой и скорой смертью. 27 марта 47 г. до н. э. Цезарь вместе с кавалерией с триумфом вошел в Александрию, и теперь ее ворота были широко распахнуты для него. Жители города, одетые в траурные одежды, прислали к нему свои делегации просить о прощении и пощаде и вынесли к нему статуи своих богов в знак своего полного повиновения. Принцесса Арсиноя и Ганимед были переданы Цезарю как пленники; он с пышностью проехал через город к дворцу, где с распростертыми объятиями его как героя-завоевателя и спасителя приняла Клеопатра.

Смерть Птолемея и подчинение Цезарю Александрии привели войну к явному завершению, и Цезарь, снова оказавшись в комфортабельной дворцовой резиденции, получил наконец возможность довести до конца свои планы по улаживанию дел в Египте, исполнению которых так долго мешала военная кампания. Младшему брату Клеопатры, юному Птолемею, было всего лишь одиннадцать лет, и он, по-видимому, еще не проявил таких явных признаков интеллекта или сильного характера, которые сделали бы его помехой либо Цезарю, либо его сестре, и поэтому было решено, что его следует возвести на трон во дворце его погибшего брата как номинального царя и супруга Клеопатры. Следует помнить, что Цезарь подарил этому молодому человеку и его сестре Арсиное Кипр, но теперь, когда последняя стала пленницей, покрыв себя бесчестьем, а первый не был еще достаточно зрелым, чтобы стать в Египте источником неприятностей, островное царство им не навязывали. Александрийцам, военные действия которых против Цезаря так прекрасно развлекали его, пока он продолжал свой роман с Клеопатрой, Цезарь показал, что хочет быть снисходительным, и предпочел рассматривать сильное опустошение, причиненное некоторым районам их города, как достаточное наказание за их преступления. Однако Цезарь наделил евреев равными правами с греками, учтя их помощь в недавней войне, – шаг, который, вероятно, вызвал некоторое раздражение у большинства горожан. Затем он создал регулярную римскую оккупационную армию для оказания помощи Клеопатре и ее младшему брату, сидящим на троне, и для поддержания порядка в Александрии и во всей стране. Эта армия состояла из двух легионов, которые выдержали вместе с ним осаду во дворце, и третьего легиона, который прибыл из Сирии. Командующим этой армией Цезарь назначил талантливого военачальника по имени Руфин, который поднялся из рядовых благодаря своим личным достоинствам, будучи изначально одним из вольноотпущеников Цезаря. Обычно пишут, что, передавая командование армией человеку с таким положением в обществе, а не представителю сената, Цезарь продемонстрировал свое презрение к Египту, но я придерживаюсь того мнения, что этот шаг был сделан осознанно, чтобы сохранить власть в стране полностью в своих собственных руках, так как Руфин, без сомнения, был пешкой Цезаря. Нам неизвестно, что стало с солдатами Габиния, которые воевали против Цезаря, но вполне возможно, что они были распределены по легионам, размещенным в других уголках римского мира.