Вид в Кремле на собор Спаса на Бору и Теремной дворец. Конец XVIII века

В 1825 году Иоанно-Богословская церковь за ветхостью была разобрана до основания. Существующую ныне церковь построили в 1825–1837 годах. Через несколько лет к западному фасаду храма пристроили квадратную колокольню в стиле позднего ампира. В едином ансамбле с церковью и колокольней были возведены дома причта, объединенные с церковью воротами. В верхнем храме, разделенном на четыре яруса, освятили три престола: главный, посвященный Иоанну Богослову, и два придельных – Обретения честной главы Иоанна Предтечи и евангелиста Луки. В нижнем этаже, по сообщению историка И. М. Снегирева, в XIX веке существовали приделы Покрова Пресвятой Богородицы, Николая Чудотворца и Митрофания Воронежского.

В 1882 году храм обновлялся, в церкви появились новые иконостасы. В 1902 году церковь Иоанна Богослова под Вязом попала на страницы криминальной хроники. Вот что сообщает газета «Московский листок», в которой, кстати, печатался знаменитый писатель В. А. Гиляровский: «Вчера в доме Кознова на Новой площади обнаружена дерзкая кража. Злоумышленники забрались со двора на крышу соседнего дома церкви святого Иоанна Богослова, взломали в окне дома Кознова форточку и через проделанное отверстие пролезли в лавку кр. Лотошников, где взломали кассу, из которой похитили 1200 рублей и скрылись»[17].

В 1925 году церковь закрыли. Главы храма были разобраны, кресты сломаны, внутреннее убранство искажено сооружением межэтажных перекрытий. В 1930-х годах разрушили верхний ярус колокольни и шпиль. Несколько лет в церкви размещался архив. В 1934 году сюда въехал Музей истории и реконструкции Москвы, который до этого располагался в Крестовских водонапорных башнях и в Сухаревой башне. В 1978–1979 годах проходила реконструкция храма. В 1992 году постановлением правительства Москвы Иоанно-Богословскую церковь передали Русской православной церкви. Однако Музей истории Москвы, который долгое время занимал здание храма, переезжать никуда не собирался. Почти шестнадцать лет верующие вели борьбу за возвращение церкви Иоанна Богослова под Вязом.

В 2006 году Градостроительный совет при мэре выделил для Музея истории Москвы комплекс «Провиантские магазины» на Зубовском бульваре. Но в здании храма Иоанна Богослова продолжали располагаться администрация музея, постоянные экспозиции по истории Москвы, выставочные залы, фондохранилища и служебные помещения. В 2010 году решением Патриарха Московского и всея Руси Кирилла Иоанно-Богословский храм стал домовым храмом Российского православного университета. Но и после этого упрямые музейщики не спешили покинуть здание церкви. Студенты, преподаватели и друзья Российского православного университета на протяжении нескольких месяцев собирались под открытым небом у алтаря храма, чтобы служить молебен Иоанну Богослову о возвращении церкви верующим. 9 октября 2010 года в Иоанно-Богословской церкви впервые за восемьдесят пять лет было совершено богослужение.

Важным результатом ремонта стало восстановление купола, разрушенного в советское время. После реставрации внутренних помещений Российский православный университет переехал на Новую площадь. Университет создан как учреждение высшего профессионального религиозного образования Русской православной церкви и реализует церковные и светские стандарты образования. Согласно концепции Российского православного университета, его отличительной чертой является направленность всего процесса обучения на подготовку выпускника, полностью адаптированного к современной реальности, человека предприимчивого, способного к самостоятельным действиям, готового к ответственности за принятые решения, и одновременно с этим – ориентированность на формирование духовно богатой личности. Ректор университета игумен Петр (Еремеев) является одновременно и настоятелем Иоанно-Богословской церкви.