Разразившаяся война прервала естественный ход развития всей советской кинематографии: теперь «хроника становится первой разведкой кино в области нового жизненного материала»[2]. В первые месяцы войны ряд режиссёров и операторов из Азербайджана отправляются в распоряжение фронтовых съёмочных групп. Среди них – студент операторского факультета ВГИКа Ариф Нариманбеков.

В первые годы войны Бакинская студия выпустила всего два короткометражных игровых фильма: «Сын Родины» (1941) и «Бахтиар» (1942), оба сняты Ага-Рзы Кулиевым. В 1943 году на Бакинской киностудии вышли две полнометражные картины: военная драма о героизме моряков «Подводная лодка Т-9» Александра Иванова (совместное производство с «Ленфильмом») и киноальманах из трёх новелл «Одна семья» о героических тыловых буднях жителей Баку, делающих всё ради победы. Творческим руководителем и режиссёром одной из новелл был Григорий Александров, в годы Великой Отечественной войны занимавший пост художественного руководителя Бакинской киностудии. Две другие новеллы были сняты Микаилом Микаиловым и Рзой Тахмасибом. Фильм должен был подчеркнуть межнациональное единение народов Советского Союза, единство фронта и тыла. Картина была показана публично лишь однажды – 16 октября 1943 года в Доме кино – и в прокат выпущена не была, поскольку, с точки зрения цензоров, недостаточно освещала борьбу советского народа с немецкими оккупантами.

Пожалуй, самой значительной азербайджанской картиной периода Великой Отечественной войны стала лента «Каспийцы» Григория Александрова, увековечившая память о героических трудовых буднях нефтяников Баку и подвиг каспийских моряков.

В 1945 году, когда Советская армия штурмовала последние нацистские бастионы Европы, на экраны страны выходит экранизация музыкальной комедии легендарного композитора Азербайджана Узеира Гаджибекова «Аршин мал алан» с всенародно любимым Рашидом Бейбутовым в главной роли. Первое обращение к этому произведению в немом кино не могло передать ни музыкальное очарование, ни искромётность и лёгкость диалогов этого без преувеличения подлинно народного произведения. Не случайно дореволюционный фильм был не принят самим Гаджибековым.

«Аршин мал алан» 1945 года, снятый Рзой Тахмасибом в соавторстве с ленинградским режиссёром Николаем Лещенко, стал одним из самых крупных успехов азербайджанского кино. Фильм шёл не только во всесоюзном, но и зарубежном прокате – лента была показана в 136 странах мира. Только в СССР за полтора месяца демонстрации картину посмотрело порядка 16 миллионов человек, а за два года доход от неё достиг 5 миллиардов рублей. В 1946 году картина получила Госпремию. Позднее, в 1966 году, режиссёром Т. Тагизаде была создана ещё одна версия фильма.

Несмотря на ошеломительный успех фильма «Аршин мал алан», к концу 40-х годов, когда кинематография СССР на фоне усиливающейся холодной войны и гонки вооружений, следуя сталинской установке «лучше меньше, но лучше», вступила в режим «малокартинья», кинопроизводство в Азербайджане почти прекратилось. Дальнейший подъём национального кино начался лишь во второй половине 50-х годов и был связан с общим обновлением «оттепели». С 1955 по 1967 год в Азербайджане было снято порядка сорока фильмов, что в полтора раза превышало количество картин, созданных в предыдущие три десятилетия. Своеобразным предвестником расцвета национальной кинематографии стала документальная цветная лента «Повесть о нефтяниках Каспия» (1953) выдающегося оператора и режиссёра Романа Кармена. Картина, став достижением советской кинематографии в целом, открыла новые пути развития кинодокументалистики.