29 октября 1955 г., через месяц после установления дипломатических отношений с Федеративной Республикой Германией, в порядке «жеста доброй воли» Президиум Верховного Совета СССР издал указ «О досрочном освобождении и репатриации немецких военнопленных, осужденных за военные преступления».

На основании предложения Прокурора СССР Р.А. Руденко и министра внутренних дел СССР С.Н. Круглова Президиум ЦК КПСС в мае 1954 г. принимает решение об образовании центральной и республиканских, областных комиссий по рассмотрению жалоб и ходатайств граждан, осужденных за «контрреволюционные» преступления (статья 58 УК РСФСР 1926 г. и аналогичные статьи уголовных кодексов других союзных республик). Эти комиссии были наделены правом пересмотра «приговоров» Коллегии ОГПУ, «троек», а также Особого совещания НКВД – МГБ СССР.

Помимо этого были образованы выездные комиссии Президиума Верховного Совета СССР (всего их было образовано 97), наделенные правом объявления амнистии в отношении осужденных рядовых граждан и коммунистов, но не номенклатурных партийных работников.

На основании выявленных Центральной комиссией многочисленных фактов нарушения принципов и норм ведения следствия в КГБ СССР, КГБ союзных и автономных республик, управлениях КГБ по краям и областям были образованы аналогичные комиссии с участием работников Прокуратуры СССР для пересмотра следственных и уголовных дел, наделенные правом пересмотра решений несудебных «двоек» и «троек», действовавших в 1937–1938 гг. В результате работы этих комиссий вскрывались многочисленные факты нарушения законности в ходе следствия и необоснованного привлечения к уголовной ответственности граждан, что влекло пересмотр их дел, снятие обвинений либо смягчение формулировок обвинения с досрочным освобождением осужденных.

В Москве такая комиссия для пересмотра уголовных дел в отношении лиц, осужденных за контрреволюционные преступления и содержащихся в лагерях, тюрьмах и колониях МВД СССР, находящихся в ссылке и на поселении, под председательством и.о. прокурора области П.И. Маркова была образована 29 мая 1954 г. Рабочий аппарат комиссии насчитывал 120 сотрудников: 98 человек – работники судов, следователи прокуратуры, в том числе 40 следователей и оперативных сотрудников УКГБ по гор. Москве и Московской области; и 22 технических работника, в том числе 10 из них от УКГБ.

Как сообщалось 28 декабря 1955 г. секретарю Московского областного комитета КПСС И.В. Капитонову в итоговом докладе о результатах работы комиссии, с июня предыдущего года было рассмотрено 4365 следственных дел на 5039 осужденных. По итогам их пересмотра по 1767 делам на 1960 человек были приняты решения об изменении ранее вынесенных приговоров: в связи с амнистией, уголовно-правовой переквалификацией составов преступлений, сокращением сроков наказания, частичной или полной реабилитацией. При этом 352 бывших осужденных были реабилитированы полностью.

Однако работа по пересмотру архивных следственных дел сотрудниками УКГБ по Москве и Московской области продолжалась и в последующие годы. Например, в отчете в МГК КПСС о результатах работы управления № 11/67 от 31 января 1958 г. сообщалось, что «закончена проверка по 1332 делам на 1887 человек», по итогам которой было принято решение о прекращении дел на 803 обвиняемых, находились в стадии проверки на 1 января еще 90 архивных следственных дел на 136 человек.

Как докладывал Президиуму ЦК КПСС 29 апреля 1955 г. Прокурор СССР Р.А. Руденко, по результатам проведенной комиссиями работы были пересмотрены уголовные дела на 237 412 осужденных (более половины из них), при этом было отказано в смягчении наказания 125 202 осужденным.