Не имея возможности изъять церковные владения, верховная власть стремилась ограничить приток земель к церковным феодалам и урезать их права. Запретительные меры принимались в 1551 («Приговор о вотчинах» на Стоглавом соборе), 1562, 1572, 1580 и 1584 годах. Были отменены налоговые льготы духовенства (тарханы), сокращены пути поступления новых владений в монастыри и установлен контроль над этим процессом со стороны государства. Однако ограничения работали недостаточно, а главное – огромные земельные владения по-прежнему оставались «втуне». Чтобы хоть как-то компенсировать это, на церковные земли были наложены налоги, а в военное время иерархи и монастыри обязали выставлять даточных людей (вспомогательное войско).

Иерархи, настоятели крупных монастырей и священники городских соборов составляли элиту духовного сословия. Помимо них, существовало немало мелких обителей, небогатых приходов на посадах и в сельской местности. На Стоглавом соборе эти представители черного и белого духовенства стали объектом жесткой критики со стороны Ивана IV, обвинившего монахов, попов и диаконов в «упивании безмерном», небрежении обязанностями, ругани, драках во время службы и «всяком безчинии». Невысоким был и уровень образованности духовенства. Церковные иерархи сетовали, что общины («земля») представляли на должность священников малограмотных и даже вовсе безграмотных кандидатов. Но какими бы ни были эти попы, они составляли единое целое с прихожанами, их избиравшими. Священник воспринимался, прежде всего, как жрец, посредник между общиной и высшими силами. Он занимал важную роль в коллективе слобожан или сельчан, участвовал в местном самоуправлении и сношениях общины с внешним миром. Плоть от плоти посада и волости, священник был активным участником мирского волнения в Смуту, что нашло отражение в сатирическом стихотворении XVII века «Поп Емеля»:

Средневековое сознание было насыщено мистикой. Чудеса воспринимались как естественная и необходимая часть жизни. Между духовным и материальным мирами не было границ, а сверхъестественное представало в разных видах и формах. В религиозном сознании русского средневекового человека органично уживались христианское вероучение и реликты дохристианских (языческих) представлений. Чудесные явления ангелов и святых отнюдь не отрицали чародейства и оборотней, а составляли с ними единую и вместе с тем разнообразную картину мира. В земную жизнь людей проникали малые и большие послания и посланники горнего мира и преисподней. Божественный знак, равно как и бесовская природа могли быть обретены в самых обыденных явлениях. Для понимания событий Смутного времени эти особенности мышления русского средневекового человека имеют принципиальное значение.

Религиозное мировоззрение было нанизано на ось эсхатологических ожиданий. И конец света, и постоянные чудеса являлись отчетливой реальностью. Признаками грядущего апокалипсиса были появления монстров, природные бедствия, умножение грехов, нестроения и мятежи. Братоубийственная Смута соответствовала представлениям о «последних временах». Но это был не первый апокалипсис в русской истории. Ожидание конца света пронизывает русское летописание и церковные сочинения XII–XIV веков. Удельные книжники видели слуг Темного властелина в князьях – объединителях Руси Иване III и Василии III, а царство Антихриста – в Московском царстве.