В решении съезда так и было записано: «Башкиры, объединившись с тюркскими народами на востоке и на юго-востоке, борющимися за достижение автономии (т. е. с казахами и другими туркестанцами), будут добиваться осуществления автономии». А.-З. Валиди подготовил два первых фармана (указа) Башкирского областного шуро. Фарман № 2 провозгласил автономию Башкортостана: «Башкирский областной совет объявляет башкирскую территорию Оренбургской, Уфимской, Самарской и Пермской губерний с сего 15 ноября [1917 года] автономной частью Российской республики…»

На III Всебашкирском учредительном курултае (8–20 декабря 1917 года) А. Валидов был избран председателем съезда. Им готовились основные резолюции, а также карты-схемы Малой и Большой Башкирии. На съезде утвердили провозглашенную шуро автономию Башкортостана. Затем А.-З. Валиди был избран в состав Ксе-Курултая (предпарламента) и правительства Башкортостана. Своей столицей они временно выбирают Оренбург.

В феврале 1918 года Ахмет-Заки Валиди вместе с другими членами башкирского правительства был арестован на два месяца Оренбургским губернским военно-революционным комитетом. К этому аресту Карим Хакимов, хотя и находился в том же городе и активно занимался политикой, не был причастен, поскольку вошел в органы советской власти Оренбурга только 11 апреля 1918 года[59]. К тому же он тогда был поглощен вопросами народного просвещения. Как пишет башкирский исследователь Н.М. Калмантаев, ссылаясь на справку, подготовленную З. Абитаевым, который входил в делегацию, направленную военной фракцией II Военного съезда для расследования причин ареста правительства «Малой Башкирии», отмечает, что арест произвел Гали Шамигулов. Об этом написала газета «Курултай» 18 марта 1918 года[60]. Однако факт остается фактом. Судьба свела двух исторических деятелей Башкирии в одном городе в один из самых драматичных периодов как ее истории, так и истории всей России. К.А. Хакимов лишь косвенно причастен к этому событию, поскольку являлся членом Мусульманского военно-революционного комитета, который выступил с инициативой ареста. Но решение принимал С.М. Цвиллинг, а арест произвел Г. Шамигулов, о чем и говорится в справке З. Абитаева. В воспоминаниях А.-З. Валиди в этом контексте его имя не упоминается, в отличие от С.М. Цвиллинга, который приходил к арестованному Валидову.

После освобождения из тюрьмы (или побега?) в ходе набега А.И. Дутова на Оренбург с апреля 1918 года Ахмет-Заки энергично восстанавливает жизнедеятельность башкирского правительства и занимается, как и Карим Хакимов, формированием башкирских частей. Однако, если Карим формировал мусульманские батальоны как интернационалистические, на платформе поддержки советской власти, то Ахмет-Заки делал это с прямо противоположных позиций, искал на первых порах поддержки у командования чехословацкого корпуса, руководства КОМУЧа, Временного сибирского правительства, других политических и военных сил, обосновывая это желанием сохранить автономию Башкортостана и его войско[61].

В этих условиях Карим Хакимов никак не мог поддерживать действия одного из родоначальников автономии Башкортостана – они находились по разные стороны баррикад, и вышеупомянутое решение Оренбургского губисполкома от 30 марта 1918 года, хоть и принятое без его участия, с осуждением сторонников «Малой Башкирии», окончательно развело их судьбы. Так он разошелся с одним из крыльев движения российских джадидов, делавших ставку на обособление тюркских народов от России (а по версии А.-З. Валиди – и от татар) в той или иной форме, как потом разойдется и с их другой ветвью, возглавляемой М. Султангалеевым и развивавшейся в форме национального мусульманского коммунизма.