Он ещё поучаствует в 1797 году в монархическом заговоре во Франции, пока опять не отправится в Нью-Йорк с планами выделения генерал-капитанства Венесуэлы от испанского владычества.
В Нью-Йорке Миранда встречается с Томасом Джефферсоном и в частном порядке начинает организовывать флибустьерскую экспедицию для освобождения Венесуэлы. 28 апреля 1806 года 200 добровольцев высаживаются с четырёх кораблей в местечке Окумаре-де-ла-Коста под первым венесуэльским флагом, который сконструировал сам Миранда. Однако испанцы были наготове, высадка не удалась, 60 человек были арестованы и 10 из них впоследствии повешены по обвинению в пиратстве.
Миранда встречается на британских островах Гренада, Тринидад и Барбадос с адмиралом Александром Кокрейном и заручается поддержкой Британии в войне против Испании и организовывает вторую попытку вторжения в Венесуэлу. Генерал Миранда высаживается с тринидадскими добровольцами в Ла-Вела-де-Коро, атакует и захватывает два испанских форта с 14 орудиями. Миранда пошёл дальше и захватил Санта-Ана-де-Коро, но испанцы подтягивают свежие силы и вытесняют войска Миранды, которые отплывают на остров Аруба. Испанцы обвиняют США и Британию в поддержке Миранды и предъявляют ему обвинения как пирату и предателю, приговорённому к смертной казни. Миранда после этого скрывается в Англии.
Венесуэла добилась фактической независимости в Великий четверг 18 апреля 1810 года, когда была создана Верховная хунта Каракаса и колониальные администраторы были свергнуты. Хунта отправила делегацию в Великобританию, чтобы получить британское признание, в которую входили будущие знатные люди Венесуэлы Симон Боливар и Андрес Белло, они встретились с Мирандой и убедили его вернуться на родину. В 1811 году состоялась торжественная встреча Миранды в Ла Гуайре с толпами простого народа и делегацией Верховной хунты во главе с Боливаром.
Миранда собирает вокруг себя группу единомышленников и создаёт ассоциацию «La Sociedad Patriotica» по образцу политических клубов Французской революции. 5 июля 1811 года он официально провозгласил независимость Венесуэлы и учредил республику, подписав первую Конституцию. Конгресс также принял созданный им жёлто-синий-красный трико лор как флаг Республики.
Но не все провинции Венесуэлы поддержали молодую республику, к тому же разразилось страшное землетрясение 1812 года и начался экономический кризис, в котором испанские власти обвинили Миранду и подготовили заговор против Республики. Миранда в ответ получил диктаторские полномочия и звание генералиссимуса для спасений Республики и начинает создавать унифицированную армию для противостояния королевским силам под командованием Монтеверде. Но непризнание его креольской аристократией, нежелание выполнять его приказы в силу неприязни, восстание чёрных рабов и наконец потеря крепости Пуэрто-Кабельо, которую защищал молодой патриот Боливар, приводит к его капитуляции перед Монтеверде.
После капитуляции Миранда с верными ему офицерами и соратниками отправляется в порт Да-Гуайра намереваясь уплыть на соседние острова для возобновления борьбы. Но в ночь на 30 июля Миранда при невыясненных обстоятельствах был арестован группой молодых офицеров во главе с пламенным патриотом Симоном Боливаром и передан испанским властям.
Франсиско Миранда (28.03.1750–14.07.1816) Президент Венесуэлы
Это было – Предательство!
Испанцы переводят его в крепость Пуэрто-Кабельо, где содержат в оковах и нечеловеческих условиях. Затем перевозят его в Пуэрто-Рико и, наконец в крепость Ла-Каррака недалеко от Кадиса, где у него случается удар, 25 марта 1816 года накануне уже спланированного побега, а 18 июля того же года он умирает в возрасте 66 лет.