На следующей за ней колонне алтарь, посвященный Мадонне Заступнице грешников – Madonna del Rifugio (ит. rifugio – убежище, приют). Считается, что фреска Мадонны с младенцем – работа мастера XV века из Витербо. В ногах Девы Марии изображена маленькая фигура заказчика в монашеском одеянии. Число почитавших этот образ было так велико, что к Юбилейному 1600 году на средства знатного горожанина Джероламо Фаби возле образа был оборудованы в стиле барокко алтарь и мраморная балюстрада.

Пятую колонну украшает фреска XIV века «Евангелист Лука». Деревянная кафедра возле шестой колонны появилась в XVII веке и ее дизайн приписывался Бернини, что ныне оспаривается искусствоведами.

На последней колонне справа видна надпись probi, что можно перевести как «годится».

Над каждой колонной находится тондо с изображениями францисканских святых. Эти нежные фрески выполнил в XVII веке францисканский монах Умиле да Фолиньо. Он же принимал участие в росписи больших прямоугольных фресок между окнами центрального нефа вместе с Джованни Одацци и Джузеппе Пассери. На этих очень жизнерадостных фресках представлены сцены из жизни Девы Марии и некоторые ветхозаветные персонажи. Фрески «Поклонение волхвов», «Бегство в Египет» и «Царь Давид» выполнил в стиле классического барокко Джованни Одацци, член Академии виртуозов Пантеона и Святого Луки. Джузеппе Пассери, любимый ученик Карло Маратти придворного живописца французского короля Людовика XIV, написал «Смерть Девы Марии» и «Вознесение Девы Марии». Самому Умиле да Фолиньо принадлежат фрески «Мадонна Непорочное зачатие», «Рождество Девы Марии», «Представление Девы Марии в храм», «Благовещение», «Встреча Марии и Елизаветы», «Поклонение пастухов» и «Пророк Исайя». Две последние фрески слева «Коронование Девы Мари» и «Дева Мария – покровительница Рима» были выполнены францисканцем Атанасио да Кориано в 1801 – 1803 годах.

Позолоченный деревянный потолок31 с изображением фигуры Богоматери с младенцем, гербов Рима и двух пап – Пия V и Григория XIII, а также боевых трофеев был выполнен в XVI веке в благодарность за победу над турками при Лепанто в 1571 году. Потолок был сделан группой плотников во главе со знаменитым французским резчиком по дереву Фламинио Буланже и расписан Джироламо Сичиоланте да Сермонета и Чезаре Трапасси. Папским флотом командовал адмирал Маркантонио Колонна, который после победы прошел по Риму во главе триумфальной процессии, завершившейся торжественной мессой в базилике.

Близость базилики к Палаццо Сенаторио, который был местом муниципальной власти, сделала именно ее Дуомо или главной церковью города. Именно здесь, а не в семи базиликах Рима, римляне предпочитали проводить важные религиозные церемонии.

В 1578 – 1580 годах подобный потолок появился в трансепте. Сюжетами его центральной оси являются капитолийская волчица с Ромулом и Ремом, гербы папы Григория XIII и кардинала Савелли, а также святой Франциск в окружении ангелов. Роспись была выполнена Джакомо Рокетти и Кола де Амичи.

Пол церкви представляет собой причудливую смесь из фрагментов косматеско и погребальных плит. Возле пятой колонны слева можно видеть, например, расколотую погребальную плиту строителю церкви XIV века магистру Альдусу с надписью на латыни: «Hic requiescit magister Aldus murator qui fuit fundator et principaleis super opus istius eccleie. Cuius anima requiescat in pace. Ammen. Orate pro eo» (Здесь лежит мастер строитель Альдус, который был учредителем и руководителем строительных работ в церкви. Пусть душа его покотся с миром. Молитесь о нем).