В области функционирует несколько каналов. Особенно значимыми являются те, которые подводят питьевую воду в местные населенные пункты. Особого внимания также заслуживает система каналов Самбийского полуострова, которая, будучи ныне функционирующей конструкцией, является настоящим памятником гидротехнической мысли. Эта система, предназначенная для обеспечения населения питьевой водой, была построена в XIV в. еще при Тевтонском ордене. Эта система обеспечивала также и Кёнигсберг. За прошедшие столетия было построено множество новых и современных каналов, однако основой для всей современной системы является именно система, построенная Тевтонским орденом.

Помимо речных вод в Калининградской области расположено более 4000 озер. И хотя большинство из них совсем маленького размера, их общая площадь составляет 3000 га. Самые большие озера находятся в юго-восточной части области, по ходу польской и литовской границы. Здесь находится «Байкал Центральной Европы» – Виштынецкое озеро. Это самое большое пресноводное озеро региона, которое расположилось с северо-запада на юго-восток и имеет протяженность в 9,1 км. Протяженность береговой линии 25 км, наибольшая ширина 4,2 км. Озеро питают 12 рек и ручьев. Виштынецкое озеро образовалось в ледниковый период около 22–25 тыс. лет назад, а это значит, что оно старше Балтийского моря на 10 тысяч лет. Наибольшая глубина озера достигает 54 метров. Помимо собственно Виштынецкого озера на Виштынецкой равнине находятся несколько менее крупных озер, среди которых наиболее значительными являются Мариново, Камышовое, Дорожное и Чистое. Все эти озера располагают чрезвычайно богатым рыбным миром.

Помимо рыболовного туризма эти озера представляются весьма перспективными и в свете экологического туризма. По всей территории области разбросано множество заболоченных местностей и торфяных болот. Большинство низинных болот находятся в бассейнах рек, рядом с озерами и заливами. Растительный мир представлен в основном камышом, осокой, ольхой и березами. Низинные торфяные болота с плоской поверхностью находятся в основном в бассейнах рек Неман и Преголя и по берегу залива.

Другой тип встречающихся болот – верховые, покрытые толстым слоем торфа. Для таких болот характерны такие виды растительности, как вереск, пушица, брусника, торфяной мох и хвойные. Так как болота чрезвычайно богаты флорой и фауной, многие из них получили статус природоохранных зон. Из-за особой атмосферы таинственности, окутывающей болота, о них существует множество легенд, распространенных среди местных жителей.

17 % территории Калининградской области покрыто лесами, частично это хвойные, частично листопадные леса. Наибольшее количество лесов сконцентрировано в Нестеровском, Краснознаменском, Славском, Полесском, Гвардейском и Багратионовском районах. Благодаря подходящим климатическим условиям в Калининградской области мы можем встретить более тысячи видов деревьев, кустарников и трав, которые были привезены на эту территорию из Японии, США, Канады, Северной Америки, Китая, Индии, Западной Европы, Средиземноморского региона, Дальнего Востока, Кавказа и Крыма. Здесь можно встретить такие виды, как лириодендрон, канадский тополь, амурские бархатцы, магнолию, восточный платан, европейский и восточный бук, крымский можжевельник.

Наиболее важными лесообразующими деревьями являются ель, дуб, клен, береза. В болотистой местности встречается более 30 видов различных трав. На территории области более 1000 кв. км болотистая местность, в основном между реками и в бассейне Преголи. Эти болотистые местности играют, с одной стороны, важную роль в поддержании водного баланса, а с другой – в поддержании жизни диких животных, обеспечивая ягодами, грибами, лечебными травами.