Однако министр госбезопасности т. Абакумов, получив показания Этингера о его террористической деятельности, в присутствии следователя Рюмина, зам. начальника следственной части Лихачева, а также в присутствии преступника Этингера, признал показания Этингера надуманными, заявил, что это дело не заслуживает внимания, заведет МГБ в дебри, и прекратил дальнейшее следствие по этому делу. При этом т. Абакумов, пренебрегая предостережением врача МГБ, поместил серьезно больного арестованного Этингера в заведомо опасные для его здоровья условия (в сырую и холодную камеру), вследствие чего 2 марта 1951 года Этингер умер в тюрьме.

Таким образом, погасив дело Этингера, т. Абакумов помешал ЦК выявить безусловно существующую законспирированную группу врачей, выполняющих задание иностранных агентов по террористической деятельности против руководителей партии и правительства. При этом следует отметить, что т. Абакумов не счел нужным сообщить ЦК ВКП (б) о признаниях Этингера и таким образом скрывал это важное дело от партии и правительства.

На основании вышеизложенного ЦК ВКП (б) постановляет:

1. Снять т. Абакумова с работы министра государственной безопасности СССР, как человека, совершившего преступления против партии и Советского государства. Исключить из рядов ВКП (б) и передать дело в суд.

2. Снять с занимаемых постов начальника следственной части по особо важным делам МГБ СССР т. Леонова и заместителя начальника следственной части т. Лихачева, как способствовавших Абакумову обманывать партию, и исключить их из партии.

3. Объявить выговор первому заместителю министра т. Огольцову и зам. министра т. Питовранову за то, что они не проявили необходимой партийности и не сигнализировали ЦК ВКП (б) о неблагополучии в работе МГБ.

4. Обязать МГБ возобновить следствие по делу о террористической деятельности Этингера.

12 июля 1951 года Абакумова вызвали в Прокуратуру СССР, где ему предъявили постановления о возбуждении уголовного дела по признакам статьи 58-1 «б» УК РСФСР (измена Родине, совершенная военнослужащим) и об избрании меры пресечения в виде содержания под стражей в Сокольнической тюрьме МВД, известной как «Матросская тишина» (не в тюрьме МГБ!).

Вскоре были арестованы начальник Следственной части по особо важным делам МГБ генерал-майор Александр Леонов, три его заместителя – полковники Михаил Лихачев, Владимир Комаров и Лев Шварцман, начальник секретариата МГБ полковник Иван Чернов и его заместитель полковник Яков Броверман.

До конца 1951 года по «Делу об абакумовско-сионистском заговоре МГБ» (были арестованы и провели около двух лет в тюрьме) генерал-лейтенанты Н. Н. Селивановский, Н. А. Королев, М. И. Белкин, Л. Ф. Райхман, генерал-майоры Г. В. Утехин, Н. И. Эйтингон; полковники Ф. Г. Шубняков, А. М. Палкин, М. К. Кочегаров; подполковники Н. М. Бородин, А. Я. Свердлов и руководящий сотрудник отдела «Д» полковник В. М. Блиндерман и другие.

Руководство МГБ сменилось. 9 августа 1951 года Указом Президиума ВС СССР министром государственной безопасности СССР был назначен С. Д. Игнатьев. Через две недели было сформировано новое руководство МГБ. Первым заместителем остался Огольцов, но была введена должность еще одного первого зама, которую занял генерал-полковник С. А. Гоглидзе. Были сняты с постов заместителей министра Блинов, Селивановский, Королев, Макаров, Аполлонов. Рюмин был произведен в полковники и 20 октября назначен на пост замминистра и одновременно начальником следственной части.

Первые допросы Абакумова проводили представители прокуратуры, в частности заместитель Генерального прокурора СССР т. Мокичев. Вначале вопросы касались основного обвинения: «Почему вы долго не арестовывали Этингера, а после ареста запретили допрашивать о терроре, сказав Рюмину, что Этингер «заведет в дебри»?»