О том периоде службы Мищенкова мало что известно, но уже после объявления независимости Украины, в 2000 году, молодого специалиста забирают в столицу в Главное управление по борьбе с организованной преступностью МВД Украины на должность старшего оперуполномоченного по особоважным делам отдела по борьбе с бандитизмом. На этом поприще и раскрылся весь масштабный талант Мищенкова. Действительно, сослуживцы считали его масштабным специалистом. Он мог спланировать и провести операцию одновременно на территории нескольких областей, контролируя и объединяя силы и средства нескольких десятков незнакомых друг с другом сотрудников, превращая их работу в единый слаженный организм. Значимыми можно назвать несколько операций. На протяжении многих лет со времен объявления независимости Украины в Киеве действовала группировка киллеров, которые специализировались на убийствах с применением ядов. Их излюбленным способом убийств было убийство медицинским шприцом, начиненным ядом кураре. Организаторами преступной группировки были некто Зимин и Иванский, которые имели свой офис в офисном здании, напоминающем летающую тарелку, на Московской площади в Киеве. На протяжении 2003 и 2004 годов Мищенков лично вел оперативно-розыскное дело по изобличению данного ОПГ. В ходе кропотливой разработки было установлено, что излюбленное оружие – яд кураре – преступники заказывали через свой канал из Соединенных Штатов Америки. Давность деятельности группировки указывала на то, что у них имеется не-сколько десятков жертв. При проверке выяснялось, что многие жертвы были убиты, но насильственная природа смерти судмедэкспертом установлена не была, не обнаружили место укола. Причиной смерти всегда был сердечный приступ (так действует яд), поэтому анализ крови на токсины никто брать не додумывался. В итоге многие убийства списывались на несчастный случай, и в ходе разработки установлены не были. Также следует отметить, что преступники владели навыками работы спецслужб и не позволяли себя документировать. После тщательной разработки задержание провел Мищенков лично, одновременно с обыском в вышеуказанном офисе. Было задержано семь человек членов организованной преступной группировки. В ходе обыска изъяли яды и целый мешок изумрудов, которыми ОПГ незаконно торговало параллельно со своей смертельной деятельностью. Другой примечательный пример имел место в 2007 году. Это была работа по раскрытию уже совершенного преступления. На выходе из административного здания спиртзавода в областном центре Черновцы, был выкраден директор этого спиртзавода по фамилии Нежурбида. Вскоре преступники потребовали сумму в 470000 евро. К раскрытию данного резонансного преступления сразу подключили начальника отдела по борьбе с бандитиз-мом ГУБОП МВД Украины полковника Мищенкова.

Сразу удивил размах и организованного совершенного преступления, поскольку похищение случилось в Черновцах, а требования о выкупе звучали из телефонов-автоматов со Львова. Но как оказалось, этими двумя областями деятельность преступной группы не ограничилась. Мищенкову пришлось корректировать работу оперативников четырех областей. Как выяснилось из проведенной им блестящей оперативной комбинации, что исполнителями были кавказцы чеченской и азербайджанской национальностей из Ивано-Франковской области, а организатором – житель Тернопольской области из города Чертков, причем в этом городе преступники и держали заложника. Такой размах преступления нашел объяснение немного позже, когда выяснилась личность организатора. Им оказался некто Барицкий, бывший сотрудник КГБ СССР, одногрупник В. В. Путина по Академии КГБ. Барицкий понимал специфику работы милиционеров, когда сотрудникам разных областей будет трудно координировать слаженную работу между собой, и он надеялся в этой планируемой им неразберихе получать информацию о ведении расследования у своих информаторов из числа местных милиционеров. Поэтому деятельность преступной группы он разбросал по четырем областям. Самонадеянность Барицкого не позволила ему предугадать появление Мищенкова в качестве руководителя раскрытия данного преступления. С помощью мониторинга и других оперативных комбинаций, в том числе при передаче денег, одиннадцать исполнителей и организатор были задержаны. Заложник благополучно освобожден. Отличительной чертой в работе Мищенкова было четкое понимание каждого оперативного действия, которые он лично планировал и добивался неукоснительного исполнения. Это совмещалось с тонким пониманием характеров и отношений между участниками преступных групп, можно сказать предугадыванием их следующих действий. Это был уже новый, высочайший уровень розыскного мастерства. Он не терпел лишней работы, не позволял лишним действиям поставить под угрозу свои операции. Все его шаги имели смысл и твердую логику в каждом из проведенных им раскрытий. Именно правильное планирование и логичное проведение всех действий по оперативной работе ставит Мищенкова в ряд великих сыщиков прошлого и настоящего.