Новый импульс в развитии католичества в Китае был связан с деятельностью иезуитов. В 1579 году известный иезуит Алессандро Валиньяно основал иезуитскую миссию в Китае. Вскоре в Китай отправляется итальянец Маттео Риччи, ставший другом Сюй Гуанци, министра церемоний при императоре Чжу Ицзюне. Иезуиты знакомили китайцев с достижениями европейской цивилизации. Их авторитет позволил и другим католическим миссионерам в течение столетия беспрепятственно работать на всей территории Китая. Но активность европейских проповедников начала вызывать недовольство как в правительстве, так и среди народных масс. В 1784 году деятельность иезуитов в Китае была запрещена, но они продолжали работать на полулегальной основе. В конце XVIII века гонения на католиков усилились, но их влияние сохранялось.

Первыми православными в Китае стали албазинцы, пленные русские, которые были зачислены в конце XVII века в гвардию императора. Известно также, что уже в 1692 году несколько китайцев, в том числе один мандарин, приняли крещение в русском православии. Заинтересованный в распространении русского православия в Китае, Пётр I направил православных миссионеров в Пекин. Китайское правительство рассматривало их как своих государственных служащих, обязанных обеспечивать духовное окормление состоящих на службе в императорской гвардии православных. На таком положении православные священники в Китае находились до середины XVIII века.

В середине XIX века вместе с европейскими торговцами в Китай устремились христианские проповедники из Европы и США, преимущественно протестанты. Силами христианских общин в Китае строились церкви, создавались приюты, образовательные и медицинские учреждения. Однако происходило это на фоне все более усиливающейся конфронтации тех китайцев, которые ориентировались на западную цивилизацию, и тех, кто стремился по мере возможности сохранить самобытность китайской культуры. Отношение основной массы населения Китая к христианству постепенно ухудшалось. На рубеже XIX – XX веков произошло боксёрское восстание, которые стремилось очистить Китай от иностранного засилья. Китайцам-христианам боксёры предлагали выбор:отречься от своей веры или быть убитыми.

К моменту образования КНР в 1949 году в Китае насчитывалось примерно 1,8 млн христиан, из которых 750 000 были протестантами. Была поставлена цель создания бесклассового общества, для достижения которой декларировалась необходимость отмены религий, на которые впоследствии оказывалось давление. До середины 1950 годов были высланы все иностранные миссионеры, число которых составляло примерно 6200 человек. Церквям в Китае было запрещено поддерживать отношения с учреждениями и объединениями за границей. Во время Китайской культурной революции (1966 1976) отправление религиозных обрядов было полностью подавлено.

Начиная с 1979 года отправление религиозных обрядов было снова разрешено. Так, уже в 1980 году в Пекине был отреставрирован и открыт для богослужений католический собор святого Иосифа.

На сегодняшний день свобода вероисповедания предусмотрена в конституции КНР только для следующих признанных государством религий: католичество, православие, протестантизм, буддизм, даосизм и ислам, образующие так называемое «патриотическое объединение». К этим признанные государством организациям относятся также «патриотическое „движение трёх“» и «патриотическое объединение католической церкви», образованные уже в 1951 году. После культурной революции они вновь стали официально разрешёнными учреждениями для христианского меньшинства в Китае.