В конце жизни Аполлоний был приведен на суд перед императором Домицианом. Помимо всего прочего его обвиняли в том, что он удостаивался почитания, подобающего только богам. И снова прослеживаются очевидные параллели с историей Иисуса: последний тоже был приведен на суд (в данном случае перед еврейскими властями и римским правителем Пилатом) и, как утверждалось, придерживался весьма возвышенных взглядов на свою личность, называя себя Сыном Бога и царем Иудейским. В обоих случаях власти сочли подобное самовозвеличивание представляющим угрозу для благополучия государства, однако читатели были убеждены, что для обоих персонажей эти утверждения о себе были справедливыми.

Филострат указывает на то, что существовали разные предания о «смерти» Аполлония. По одной версии, он окончил свои дни на острове Крит. Он якобы зашел в святилище одного из местных божеств, охранявшееся свирепыми псами, но вместо того, чтобы залаять, псы приветствовали Аполлония как друга. Храмовые служители обнаружили его и посадили на цепь, думая, что он использовал колдовские чары, чтобы пробраться мимо псов. Однако в полночь Аполлоний освободился от уз и окликнул служителей, чтобы те видели, что произойдет дальше. Он поспешил к дверям святилища, которые распахнулись перед ним. Затем он вошел, и двери сами собой захлопнулись, причем изнутри святилища (где больше никого не было) послышалось пение девушек: «Выспрь от земли, вдаль к небесам, гряди горе!» Иными словами, Аполлоний вознесся на небо, в царство богов – что очевидно следовало из того, что больше его на земле никто не видел. И опять же параллели с историей Иисуса очевидны: в конце жизни Иисус производит беспорядки в Храме, он арестован и приведен на суд, а после того как он покидает этот мир, возносится на Небеса, где и пребывает до сих пор.

Как философ Аполлоний учил о бессмертии человеческой души: плоть может умереть, но человек продолжает жить. Не все верили ему. Но после своего вознесения на небеса он явился в видении одному из последователей, который усомнился в нем. Таким образом Аполлоний убедил этого ученика в том, что он все еще жив и присутствует среди них. Разумеется, Иисус после своего воскрешения из мертвых тоже являлся ученикам и убедил их, в том числе и неверующего Фому, в продолжающейся реальности своего присутствия и жизни на небесах.

Современные исследователи оспаривают значение очевидных связей между Аполлонием и Иисусом, но эти споры возникли не сегодня. В начале IV века н. э. языческий автор по имени Гиерокл написал книгу «Правдолюбивое слово», которая содержала сравнение между двумя предполагаемыми «сынами бога» и утверждала превосходство языческой версии. Полный текст книги до нас не дошел. Однако спустя несколько лет после ее написания ее доводы были опровергнуты в произведениях церковного писателя IV века н. э. Евсевия – иногда называемого «отцом церковной истории», поскольку именно Евсевий первым составил историю христианства от времен Иисуса до его собственных дней. Еще одна из книг Евсевия была направлена против Гиерокла и его попыток превознести Аполлония. К счастью для нас, современных читателей, Евсевий приводит в нескольких местах прямые цитаты из труда своего оппонента. Так, например, ближе к началу книги Гиерокл пишет: