Рисунок 6: Анализ столкновения двух протонов в ЦЕРНе

Первый уровень ещё считается самым фундаментальным в Модели только потому, что наука заинтересована лишь в практике уничтожения атомных структур, не являясь достаточно продвинутой, чтобы работать напрямую с фундаментальными частицами. Внешнее поле, связывающее атомы вместе, является электрослабой силой, которая является сочетанием слабой и электромагнитных сил. Волны, произведённые взаимодействием частиц в энергии, также являются основами полей, таких как электромагнитное поле. В таких полях частицы ведут себя как индивидуальные магниты. Некоторые атомы, как железо, ведут себя подобным образом, но на более массивном масштабе. Пока атомы взаимодействуют и ищут самые низкоэнергетические состояния в доступных полях, у них строятся связи, и они уплотняются в более высокий контекст. Этот уровень приводит к созданию молекул внутри решёток.

Неорганические и органические химики изучают реакции, происходящие на молекулярном уровне с молекулами как предельными объектами. Этот уровень также содержит, в зависимости от температуры, расстояния и некоторых других факторов, три состояния вещества: газообразное, жидкое и твёрдое. Две основные структуры выделяются: коллоиды и кристаллоиды. Закономерности расположений атомов в молекулах в твёрдом состоянии изучаются кристаллографами с помощью методов рассеяния рентгеновских лучей. Решётки являются контекстами, которые создают молекулам способы развития по кристаллическим или коллоидным типам. Результатом развития является создание органических структур, таких как макромолекулы, состоящие из повторяющихся однотипных молекул, аминокислоты, гены вместе со структурными цепочками в виде РНК и ДНК, а также таких кристаллов (решёток) как белки. Так как все последние генетические и биохимические объекты изучения не составляют качественно иного уровня, по причине их параллели с химическими связями и взаимодействиями, то все они находятся на этом же самом уровне. Третий уровень – последний частично неорганический уровень перед тем, как органические уровни превозмогают и начинают формировать первые базовые живые организмы.

Уровни 4–7 Модели описывают отношения предметов изучения наук от химической биологии до психологии. Иерархическая природа Модели имеет свое первое крупное различение. Это первая четверная группа уровней, разположенная между триадами.

Этап разделения органического и неорганического уже пройден, и появляются первые простые организмы. Органические молекулы через решётки генетических кодов начинают формировать хромосомы в ядрах и других органеллах в цитоплазме, которая заменяет океанную плазму или «первичный бульон». Органеллы, избежавшие обмен генетической информации в цитоплазме и развившие свои собственные генетические коды, стали первыми вирусами. Но даже вирусы зависят от воды в цитоплазме для жизни. Органеллы, с другой стороны, сотрудничали и соединились в более сложные структуры под названием клетки и одноклеточные организмы.

Как только цитоплазма ограничилась клеточной мембраной, она стала клеткой или клеточным организмом, таким как амебоидный протист. Такие клетки, которые не кооперировались подобно органеллам, чтобы поддерживать свою структурированную органическую среду в виде матрикса, стали бактериями. Бактерии – это такие клеточные организмы, которые увлеклись наибольшей зависимостью от больших скоплений организмов, но сами не вкладывались, чтобы стать полноправными членами таких сложных структур. Бактерии – это эквивалент вирусов, только на пятом уровне. В отличие от них, обыкновенные клетки, причастные к своим биоматрицам, начали формировать ткани, а также различаться в новые формы целостности.