В 1967 г. состоялась новая встреча папы с патриархом в Стамбуле, в ходе которой они взаимно признали друг друга, а в октябре 1967 г. Афинагор посетил Рим, где провел совместную службу с Павлом VI. В экуменических кругах патриарха Афинагора считали «пророком нового времени», «духовным отцом православного ренессанса». так что именно на него и его преемников Ватикан будет возлагать главные надежды в стремлении добиться реформирования Православных церквей на Востоке и признания ими примата Римского понтифика.

В этих же целях была серьезно активизирована понтификальная дипломатия в Восточной Европе. Развивая начатую Иоанном XXIII Восточную политику, Павел VI стал налаживать контакты с руководителями восточноевропейских стран и СССР, пригласив в 1967 г. в Ватикан В.П. Подгорного, А.А. Громыко, маршала И.Б. Тито, Я. Кадара и Э. Герека. Важную роль в налаживании контактов с Православными церквами играл заместитель госсекретаря Ватикана кардинал Агостино Казароли, участвовавший в 1975 г. в Конференции по безопасности и сотрудничеству в Европе (Хельсинки) для «внесения католической лепты в достижение уважения фундаментальных прав человека, включая религиозную свободу»[81].

Наряду с идейным обновлением в церкви происходили и организационные изменения. В целях претворения в жизнь епископальной коллегиальности в 1965 г. был создан новый институт – Синод епископов, наделенный консультативными полномочиями, который при Павле VI собирался 5 раз. Одновременно в целях централизации руководства в 1967 г. была предпринята реформа курии, укрепившая Государственный секретариат. Перемены произошли и в сфере контроля за цензурой: вместо Священной Канцелярии – символа инквизиции – была создана Конгрегация по делам доктрины веры, во главе которой был поставлен югославский кардинал Франциск Сепер, известный своими обновленческими взглядами, заменивший итальянского кардинала консерватора Оттавини. Вместе с тем в 1969 г. была сформирована Международная теологическая комиссия, которая призвана была претворять в жизнь решения собора, не допуская их слишком произвольного толкования, которое могло бы привести к неподконтрольным процессам в церкви. Состояла она из таких видных теологов и ведущих кардиналов, как Ратцингер, Бальтазар, Конгар и др.

Однако более важные изменения коснулись скрытого уровня управления Св. Престолом, ставшие отражением нового характера отношений между церковными иерархами и итальянской политической элитой. Речь идет о тесном союзе, который был установлен между Павлом VI и представителями влиятельных итальянских масонских кругов в целях недопущения укрепления в стране позиций левых сил и в первую очередь коммунистов.

Главную роль в обеспечении этого союза сыграли все те же спецслужбы Ватикана, Священный Альянс (СА) и Sodalitium Pianum (SP). Находясь в состоянии бездействия в годы понтификата Иоанна XXIII, при Павле VI они заработали в полную силу, получив фактически второе дыхание. Если традиционно одним из главных направлений деятельности папской контрразведки был сбор информации об агентах масонских лож в Ватикане в целях противодействия их деятельности, то теперь задачи изменились на противоположные. С 1968 г. в течение трех лет SP вела активное расследование, собрав к 1971 г. объемный материал, воссоздававший полную картину всех связей масонов в различных отделах Ватикана, после чего Павел VI лично попросил главу контрразведки прекратить следствие по этому делу и распорядился поместить материалы в Тайный архив. С тех пор, как пишет исследователь Фраттини, никто не занимался поиском масонов в стенах Ватикана