Наиболее же опасным явлением стали те изменения, которые происходили в сфере теологических размышлений под влиянием утверждавшейся религиозной терпимости, с провозглашением которой церковь стала допускать серьезные отступления от христианской веры. В первую очередь это проявилось в развитии «диалога» с иудаизмом.
«Диалог» обернулся дальнейшими уступками со стороны католицизма, который под давлением крайне наступательной позиции иудаизма начал создавать новую теологию иудейско-католических отношений, требовавшую дальнейшего пересмотра основополагающих положений христианского учения. О том, кстати, какие методы использовались определенными кругами для навязывания нового взгляда на иудаизм, красноречиво свидетельствует, в частности, история с молитвой за иудеев, якобы сочиненная Иоанном XXIII незадолго до смерти.
Первая версия ее на французском языке была опубликована в швейцарском журнале La Liberté 9 сентября 1966 г. В ней говорилось: «Милосердный Боже! Ныне мы осознаем, что на протяжении веков наши глаза были слепы и мы не в состоянии больше увидеть красоту Твоего избранного народа и узнать в чертах его лица наших привилегированных братьев. Мы понимаем, что клеймо Каина начертано на наших челах. На протяжении веков наш брат Авель лежал в крови и слезах по нашей вине, так как мы забыли Твою любовь. Прости нам, что мы ошибочно присоединяли проклятие к имени Евреев. Прости нам, что мы второй раз распяли Тебя в их лице, так как мы не ведали, что творили…»
2 октября 1966 г. этот текст перепечатал журнал La Documentation Catholique (№ 1479, кол. 1728), в котором утверждалось следующее: «Ватиканские круги подтвердили 7 сентября существование и подлинность молитвы, сочиненной Иоанном XXIII за несколько дней до его смерти, в которой папа просит прощение у Бога за все страдания, причиненные евреям Католической церковью. О существовании этой молитвы, которая в соответствии с намерениями ее автора, должна была читаться во всех церквах, сообщил недавно в ходе выступления в Чикаго монсеньер Джон С. Куинн, который был одним из экспертов Ватиканского собора». Однако через месяц тот же журнал опубликовал опровержение, ссылаясь на госсекретаря Ватикана. Позже выяснилось, что La Liberté перепечатала текст молитвы из голландской газеты De Tïde, которая, в свою очередь, взяла его из статьи некого Ф.Е. Картуса, опубликованной в чикагском журнале American Commentary (январь 1965 г.) – официальном органе Американского еврейского комитета (АЕК), и в которой даже не было дано никакой ссылки на источник. Однако стало известно, что под псевдонимом Картус скрывался ирландский иезуит Малаши Мартэн, бывший в свое время личным секретарем кардинала Беа. Во время II Ватиканского собора он вел двойную игру, работая на АЕК и передавая ее представителю в Европе Шустеру секретную информацию из секретариата. На этом история должна была бы закончиться, но в действительности и после официального опровержения «молитва за иудеев» не раз появлялась в различных изданиях. В последний раз это произошло в 2008 г., когда ее опубликовала итальянская газета La Repubblicа