Между тем царевич достиг восьмилетнего возраста, живя в Угличе, который был тогда городом значительным, с тридцатью тысячами жителей, двенадцатью монастырями, тремя соборами и полуторастами церквами. Жители были очень привязаны к царевичу, считая его последним отпрыском царского дома и прямым наследником царского престола. Поэтому с беспокойством и страхом внимали слухам, распространявшимся в народе, будто Борис хочет извести царевича, будто мамка его, Василиса Волохова, подкуплена Борисом и уже не раз старалась отравить отрока, подмешивая яд то в пищу, то в питье его; но всякий раз Господь милостью Своей охранял невинного царевича. Борис прислал в Углич доверенных ему людей, Михаила Битяговского, сына его Данилу и племянника Никиту Качалова; и эти три человека особенно внушали подозрение. Слухи эти доходили и до царицы, Марии Феодоровны; и она никуда не отпускала от себя сына своего, охраняя его и день и ночь от недоброжелателей. Но вот однажды – это было 15 мая 1591 года – мамка царевича, та самая Волохова, которую считали подкупленной Борисом, уговорила царицу отпустить с ней отрока поиграть на дворе. Напрасно кормилица царевича умоляла царицу не отпускать его; мамка, держа его за руку, вывела на крыльцо. Тут подошел к нему сын Волоховой и, взяв его за руку, сказал: «Государь, у тебя новое ожерелье?» – «Нет, старое», – тихо отвечал отрок; и в ту самую минуту, как он выговорил эти слова, Волохов кольнул его ножом в шею. Кормилица пала на него и начала кричать, убийца бросил нож и убежал; но Данила Битяговский и Никита Качалов довершили убийство; на шум прибежала царица и пала замертво, когда увидела любимого сына своего, окровавленного, трепещущего, как раненый голубь, в руках убийц его. Люди разбежались по городу, неся страшную весть; пономарь начал звонить с колокольни, и вскоре весь Углич сбежался на царский двор. Народ схватил убийц, которые было убежали, и тут же в ярости умертвил их; произошел сильный народный мятеж; убили двенадцать человек, подозреваемых в участии в убийстве, и имя Бориса, как главного виновника, пронеслось в народе. Отнесли тело царевича в соборный храм Преображения и послали гонца в Москву известить царя об убийстве брата его рабами его. Гонец был принят Борисом, который запретил ему говорить об убийстве царевича, но велел сказать, что царевич, играя на дворе, сам накололся на нож и оттого скончался.

Царь опечалился смертью брата; начато было следствие, чтобы разведать дело; и митрополит Крутицкий был отправлен для погребения царевича, тело которого нашли лежащим в соборе и еще обагренным кровью. Люди, присланные для розыска, признали и подписали, что царевич, страдавший падучей болезнью, сам закололся в припадке недуга. Но мало кто поверил этому, и в городе не умолкала молва, что Борис умертвил царевича, чтобы открыть себе дорогу к престолу. За розыском о смерти царевича последовали наказания виновных. Братья царицы Марии Феодоровны после пытки были разосланы по разным городам и заключены в темницы за небрежение; сама несчастная мать была пострижена в инокини и отправлена в Горицкий монастырь близ Белаозера; около двухсот человек, виновных в мятеже и убиении Битяговских и Качалова, были казнены; множество жителей Углича заключено в темницы и сослано в Сибирь. Даже набатный колокол собора был отправлен в Тобольск. Углич опустел и навсегда потерял прежнее значение свое.

Если справедливы подозрения по поводу Бориса Годунова, то убийство повело к желанной цели. После смерти бездетного Феодора он был возведен на престол в 1598 году; но через несколько лет суд Божий постиг его. Вдруг пронеслась по России весть, что Димитрий не убит, что вместо него убит другой отрок, что он спасся и что теперь, став взрослым, он скоро потребует от Бориса отцовского престола. Смутился царь, народ заволновался; в 1604 году уже слышно было, что Димитрий идет на Москву с сильной ратью, что украинские города один за другим отворили ему ворота, что поляки помогают ему. Царь Борис, встревоженный вестью, велел по церквам провозглашать вечную память царевичу Димитрию и проклинать Лжедмитрия; но волнения все усиливались; в полках распространилось сомнение; некоторые служители Бориса, на которых он надеялся, изменили ему и присягнули самозванцу. Борис, волнуемый и тревожимый событиями, а может быть, и голосом совести, внезапно скончался в 1605 году, как бы сраженный тенью царевича Димитрия. Народ присягнул сыну Бориса, Феодору, но недолго он был царем; самозванец подходил к Москве; враги Годунова возбудили мятеж, задушили Феодора с матерью, и Лжедмитрий торжественно вступил в Москву и воссел на царский престол как сын Иоанна Грозного.