В то же время междоусобия волновали также государство: князья спорили между собой, литовцы и татары опустошали Россию. Великий князь долго воевал с двоюродными братьями своими, Василием Косым и Дмитрием Шемякой. Первый был ослеплен по приказанию великого князя. Через несколько лет Шемяка страшно отомстил за брата. Он притворно помирился с великим князем, а потом неожиданно напал на Москву, схватил мать и жену Василия и отправился к Троице, в Сергиеву обитель, где находился сам великий князь с сыновьями. Василий, не подозревая ничего, слушал обедню у гроба святого Сергия; Шемяка схватил его, велел выколоть ему глаза и послал в заточение в город Углич, а сам провозгласил себя великим князем. Верные служители успели спасти детей Василия и увезли их в Муром.

Но Димитрий боялся, как бы верные бояре не заставили его возвратить княжение детям великого князя Василия, и потому желал иметь над ними власть. Он уговорил Иону привезти их в Москву. «Если ты это сделаешь, – говорил он, – то клянусь тебе, что не стану держать Василия в заключении. Я дам ему и детям его богатый удел, и они будут в нем господствовать и жить в изобилии». Иона поверил клятве Шемяки и, думая улучшить участь Василия, поехал в Муром за детьми его. Долго родственники не соглашались выдать их, но наконец, отслужив молебен, они положили их на церковную пелену, с которой Иона принял их на свою епитрахиль в знак того, что ручается за их безопасность. Он привез их в Москву. Но Шемяка отправил детей к отцу их и не исполнил своего обещания. Иона неотступно умолял его освободить великого князя, как он обещал. «Ты нарушил устав правды, – говорил он, – ввел меня в грех, постыдил мою старость. Бог накажет тебя, если не выпустишь великого князя с семейством и не дашь им обещанного удела». Наконец он успел убедить Шемяку; Шемяка освободил Василия и дал ему в удел Вологду.

Мир продолжался недолго. Народ не любил Шемяку, и Василий довольно легко вновь завладел престолом. Испытанный бедствиями, он стал управлять с большей кротостью и мудростью. Первой его заботой было назначение митрополита, ибо, как мы сказали, Иона еще не назывался митрополитом. Епископы вновь съехались в Москву и торжественно посвятили его в 1448 году. С этих пор Россия сделалась независимой от Константинополя по делам Церкви.

Иона усердно занялся делами; он старался уничтожить заблуждение унии, уговаривал православных с твердостью и терпением переносить гонения, которым они подвергались в юго-западных областях. Старания его возбудили гнев папы, который называл его отступником, но очень утешали и укрепляли гонимых за веру. Он убеждал также князей жить в любви, хранить данные клятвы и не нарушать мира.

В 1451 году татары дошли до самой Москвы и выжгли предместье. Сильный ветер нес пламя в город. Митрополит крестным ходом обошел весь город, молясь об избавлении от врагов. В Чудовом монастыре жил тогда благочестивый инок по имени Антоний. Святитель, увидев его, сказал ему: «Сын и брат Антоний, молись Господу и Пречистой Богородице об избавлении города». – «Поблагодарим Господа и Пречистую его Матерь, – отвечал Антоний, – скорая Заступница наша умолила Сына Своего, Иисуса Христа, да спасен будет город. Враги невидимой силой будут прогнаны и побеждены; мне одному суждено умереть от стрел их». Едва Антоний успел выговорить эти слова, как стрела, прилетевшая из стана татар, ранила его смертельно.

К удивлению всех жителей Москвы, татары 2 июля внезапно удалились. В память этого события на дворе митрополита была построена церковь Положения Ризы Богородицы.