Помимо всего отмеченного профессор А. И. Худяков весьма последовательно разрабатывал теорию государственного кредита. В середине 90-х годов XX века А. И. Худяков, разрабатывая теорию финансового договора, распространил ее и на отношения государственного займа.[13]
Позднее он отказался от своей концепции и подчеркивал, что к сфере финансового права относятся лишь те отношения публичного заимствования, «которые, являясь организационными (не экономическими), в основном связаны с бюджетным планированием заимствования и управлением публичным долгом». А к числу финансово-правовых аспектов бюджетного кредитования он относил лишь: а) установление порядка предоставления и планирование бюджетного кредита, б) ведение учета обязательств, возникших в результате бюджетного кредитования, а также осуществление контроля за их исполнением и применение мер финансово-правовой ответственности за нарушение заемщиком срока возврата кредита.[14]
П. Перу профессора А. И. Худякова принадлежит целый ряд новаторских научных концепций и идей. Некоторые из них только сейчас начинают осознаваться и развиваться в финансово-правовой науке.
Во-первых, Алексей Иванович был первым, кто обратил внимание на существование договорных отношений в финансовом праве. Он ввел в науку понятие «финансовый договор»[15] и разработал его теоретические основы.[16] А. И. Худяков указывал, что: 1) финансовый договор является методом правового регулирования тех общественных отношений, которые возникают в процессе финансовой деятельности государства; 2) финансовый договор является юридической формой тех общественных отношений, которые по своим экономическим свойствам являются финансовыми; 3) одной из сторон финансового договора всегда является государство (в целом либо в лице его уполномоченного органа); 4) стороны в этом договоре не обладают равноправием в гражданско-правовом смысле. Он опосредует отношения, которые, как и все другие финансовые отношения, носят государственно-властный характер где, однако, юридическое неравенство не выражено столь категорично, как при императивном методе финансово-правового регулирования; 5) финансовый договор использует соглашение сторон и предусматривает взаимные денежные обязательства. Соглашение сторон проявляется, как правило, лишь в установлении размера финансового обязательства. Остальные условия определяются в одностороннем порядке властвующим субъектом правоотношения.[17] Сегодня эти черты финансового договора принимаются как базовые теми учеными, которые исследуют договорные отношения в финансовом праве.
Во-вторых, опираясь на выводы о существовании финансового договора, проф. А. Худяков одним из первых в финансовом праве акцентировал внимание на появлении в этой отрасли договорного метода правового регулирования.[18]
В-третьих, профессор А. И. Худяков впервые в финансово-правовой науке обратил внимание на проблему государства как собственника бюджетных и иных государственных финансовых ресурсов в рамках финансовых правоотношений. Он указывал, что «финансы всегда связаны с государственной собственностью на денежные средства. /…/ В то же время было бы ошибочным рассматривать финансовую деятельность государства как его деятельность только лишь в качестве собственника. Многие аспекты этой деятельности оно осуществляет, выступая в роли политического субъекта, обеспокоенного не только собственными денежными проблемами, но и судьбой всего общества».