Переехав в 1942 году в Бомбей, Саадат Хасан вновь приходит в «Мусаввир» и параллельно пишет сценарии для фильмов. На страницах прессы отдельными изданиями публикуются его рассказы. В частности, в 1943 году увидел свет сборник «Рассказы и драмы», а в 1946-м – сборник радиопьес «Поворот». В 1947 году издается сборник «Удовольствие от удара камнем».

Много работая, Манто поддерживает отношения с друзьями, многие из которых входили в ряды творческой интеллигенции тогдашней Индии. Среди тех, с кем он активно общается, писатель Кришан Чандар, кинорежиссер Шахид Латиф, журналист Ахмад Надим Касми, актер Ашок Кумар.

Жизнь Саадата Хасана в Бомбее была омрачена судебными преследованиями, инициированными властями. В 1942 году консервативная пресса обрушилась на писателя с критикой за рассказ «Черные шаровары», главная героиня которого – продажная женщина. Автора упрекали в посягательстве на нравственные устои общества и непристойности. Поднятая в СМИ шумиха дошла до местных властей, против него завели уголовное дело. Во время слушанья в городском суде Лахора писатель был полностью оправдан. Однако это дело не было единственным в его карьере. Второй процесс был начат в том же году из-за рассказа «Запах». Наряду с обвинениями в безнравственности автору вменяли еще и политическую статью, ставя в вину неприглядное описание женщин-христианок, служивших в Женском вспомогательном корпусе, который обладал в государстве официальным статусом военного подразделения. Все это происходило на фоне ужесточения правительственной цензуры – шла Вторая мировая война, в которой Индия выступала на стороне антигитлеровской коалиции, будучи доминионом Великобритании. Процесс затянулся до 4 мая 1945 года. Приговор вынесли уже после капитуляции Берлинского гарнизона под натиском советских войск – приказ о сдаче столицы был отдан исполнявшим обязанности коменданта города генералом Гельмутом Вейдлингом 2 мая 1945 года. В условиях фактической победы в войне индийские власти могли позволить себе пойти на некоторые послабления в отношении прессы. Дело закончилось оправданием писателя. В период второго судебного процесса начался еще и третий: в 1944 году против Манто выдвинули обвинения из-за рассказа «Пар». Судебный процесс, состоявшийся в феврале 1945 года, несмотря на многочисленные заявления представителей либеральной интеллигенции в защиту автора, закончился тем, что обвиняемого признали виновным, приговорив к штрафу в размере двухсот рупий. Впоследствии это решение отменил суд апелляционной инстанции, Саадата Хасана полностью оправдали. Судебные преследования подрывали душевные и физические силы Манто, вынужденного отрываться от работы и ездить в Лахор для участия в заседаниях.

В Бомбее писатель прожил практически вплоть до объявления независимости Индии и образования Пакистана в 1947 году. Эти события спровоцировали кровавые столкновения между мусульманским и индуистским населением канувшей в Лету Британской Индии. Их последствия имеют место вплоть до настоящего времени. Из-за территориальных споров, в частности Кашмирского конфликта, а также национально-религиозной розни противостояние между двумя молодыми государствами быстро обрело военный характер. В то время в Бомбее происходили массовые антимусульманские выступления, многочисленные погромы заканчивались человеческими жертвами.

Резонно опасаясь за свою жизнь и жизнь близких, Саадат Хасан, будучи мусульманином, как и многие другие жители Бомбея, покидает любимый город и уезжает в Пакистан в январе 1948 года. По дороге он на несколько дней останавливается в Карачи у друга детства Хасана Аббаса, а затем обосновывается в Лахоре (оба этих крупных города вошли в состав Пакистана). Переезжая, Манто надеялся, что со временем ситуация нормализуется и он сможет вернуться. Однако этому не суждено было сбыться. Он приехал в Пакистан, находясь в крайне подавленном состоянии. Несколько первых месяцев прошли в глубокой апатии. Саадат Хасан вынужден был искать новую работу. В этот период двое близких товарищей Манто получают от пакистанских властей разрешение на издание газеты «Сегодня». Они предлагают писателю работать на них, и он принимает приглашение. Публиковавшиеся в этой газете рассказы вошли в сборник «Горькое, кислое и сладкое», который увидел свет в 1954 году. Примечательно, что Манто не выступал ни на стороне Индии, ни на стороне Пакистана, надеясь, что лидеры обеих стран смогут разрешить проблемы мирным путем и положить конец кровопролитию. Эти чаянья оказались напрасны. Конфликт лишь усугублялся. Пытаясь отвлечься от негативных политических событий, писатель стремился с головой уйти в творчество. В это время выходят многие рассказы, так или иначе касающиеся межнациональной розни и противостояния между Пакистаном и Индией – «Тоба-Тек-Сингх», «Последнее приветствие», «Холодное мясо», которые по праву считаются шедеврами. За последнее произведение автор вновь оказался на скамье подсудимых, но теперь уже в пакистанском суде. Это случилось в 1949 году. Как и прежде, обвинения состояли в том, что рассказ носит безнравственный характер и противоречит нормам общественной морали. Судебное разбирательство длилось до января 1950 года. Суд первой инстанции приговорил писателя к трем месяцам лишения свободы и крупному денежному штрафу, однако апелляционный суд полностью оправдал Саадата Хасана.