Общий характер томистского подхода к философии религии заключается в следующем: рациональный путь к Богу не непосредствен, а опосредован. Это путь умозаключений, которые, будучи верными, не дают безусловной достоверности; поэтому он должен быть дополнен авторитетом. Это означает, что непосредственная рациональность францисканцев заменяется доказательной рациональностью, и что наряду с этим рациональным элементом выступает внерациональный авторитет. Чтобы сделать этот шаг, Фома должен был опровергнуть Августиново решение. Поэтому он говорит: «Существуют два способа что-либо познать: через самое себя и через нас. Поэтому я говорю, что утверждение “Бог есть” познается само собой, поскольку Он есть внутри себя, потому что предикат совпадает с субъектом. Ибо Бог есть свое собственное бытие… Но так как мы не знаем о Боге, что Он есть, то утверждение не познается само собой, но должно быть доказано посредством тех проявлений, которые нам более известны, т. е. через Его действия». Эти слова Аквината разрубают нерв онтологического подхода. Человек отторгнут от primum esse и prima veritas. Он не может оставаться верным несотворенной истине. Поэтому принципы, трансценденталии, – это не присутствие божественного в нас, не «несотворенный свет», в котором мы видим все, они – сотворенные структуры ума. Очевидно, что таким образом непосредственное познание Абсолюта разрушается. Sapientia, знание принципов, качественно не отличается от scientia. Подобно тому как всякий изучающий музыку должен принять утверждения математики, даже если он не понимает до конца их смысла, точно так и человек должен принять постулаты той науки, которую Бог имеет о себе и которая полностью понятна ангелам. Они даны нам через авторитет. «Аргументация, опирающаяся на авторитет, больше всего подходит для этого учения (теологии)», – говорит Фома. Библия, таким образом, становится собранием истинных утверждений, а не путеводной книгой для созерцания, как это было у Бонавентуры. Францисканцы, особенно Александр, различают между: а) теми учениями, которые относятся к вечной истине и непосредственно очевидны (например, Бог как esse, verum, bonum), и б) теми учениями, которые вторичны, воплощают вечную истину во временных формах, случайны и неочевидны (как, например, Воплощение или учение Церкви). В отличие от них, Фома относит все богословские утверждения к одному уровню: к уровню авторитета. И вследствие этого полностью разрывается связь между credere и intelligere. Согласно Фоме, один и тот же объект не может быть объектом веры и объектом знания, ибо вера не предполагает непосредственного контакта со своим объектом. Вера меньше, чем знание. «Поскольку вере не хватает проникновения, она не обладает той степенью знания, которая доступна науке», – говорит Фома, а проникновение, согласно ему, невозможно в нашем телесном существовании. Здесь корни того принижения понятия «вера», которое определяет ее как мнение с низкой степенью доказательности и которое делает почти невозможным его использование сегодня. Отделение веры в смысле подчинения авторитету от знания в смысле науки влечет за собой разделение психологических функций, которые у Августина выражают одну и ту же психическую субстанцию. Воля движет интеллектом, чтобы он принял случайное для него содержание; без приказа воли не может быть достигнуто согласие с трансцендентной наукой. Воля заполняет пропасть, которую интеллект не может преодолеть, после того как была отвергнута непосредственность онтологического.

Для Фомы все это вытекает из его эпистемологии, ограниченной чувственным восприятием: «Человеческий интеллект не может по естественному свойству достичь божественной субстанции, потому что в нашей земной жизни познавательная способность нашего интеллекта начинается с чувственного восприятия». Поэтому мы должны восходить к Богу с помощью категорий причинности. Как раз это может делать философия религии, причем делать довольно легко в космологических терминах. Мы видим, что должна существовать чистая актуальность, так как движение от потенциальности к актуальности зависит от актуальности; поэтому должна существовать актуальность, предшествующая любому движению. Онтологическое доказательство невозможно не только в его сомнительной формулировке, но и по самой его сути. Жильсон выражает это следующим образом: «Поистине неоспоримо, что в Боге сущность и существование тождественны. Но это верно для существования, в котором Бог вечно пребывает в себе, а не для того существования, до которого может подняться наш конечный разум, когда посредством доказательств он утверждает, что Бог есть». Очевидно, что второе понимание существования опускает существование Бога до уровня существования камня или звезды, делая атеизм не только возможным, но и почти неизбежным, что и подтвердила последующая история.