Восточная (Крымская) война заставила правительство обратить внимание на состояние не только военного, но и торгового флота. К тому же, со второй половины XIX века начались принципиальные изменения в судостроении и кораблевождении, связанные с переходом от парусных деревянных судов к металлическим (а затем и к броненосным), снабженным паровыми двигателями, сопровождавшиеся увеличением водоизмещения, переходом от гребных колес к гребным винтам, разнообразием судовых устройств и технических средств навигации, поступлением новых видов технического вооружения, что значительно усложняло управление кораблями и судами и особенно остро поставило в Российской Империи вопрос о необходимости серьезной подготовки и экзаменовки судовых специалистов.

На флоте стало происходить углубление специализации различных видов деятельности, сделавшее очевидной потребность в проведении реформы морского образования и отказе от сословных ограничений.

На Камчатке Охотский флотский экипаж, охотская мастеровая рота и камчатская рота были объединены в 46-й Флотский экипаж, при этом порт, флотилия и училище сохранили название «Охотские»62.

На протяжении 1850—1852 гг. имущество Охотского порта было перевезено на Камчатский полуостров, при этом для определения необходимого числа транспортов была составлена ведомость грузов и пассажиров. Вес имущества и библиотеки училища составил 500 пудов. Учеников Штурманского училища тогда было 29, школьников – 16. Однако перевести порт за время одной навигации оказалось невозможно, поэтому училище оставили в Охотске до следующего года. А уже через несколько месяцев Турция, Англия и Франция объявляют России Тройственную войну, более известную как Крымская (Восточная) … Еще через два года, с началом первой после героической Петропавловской обороны навигации, Штурманское училище Охотской (Камчатской) флотилии, не успев толком закрепиться на полуострове, эвакуируется вместе с военно-морской базой из Петропавловска на Камчатке в Николаевский пост, на Амур.

Сразу после окончания войны в 1856 г. была создана Приморская область Восточной Сибири с центром в Николаевском посту, переименованном в «город Николаевск на Амуре», бывшая Охотская флотилия стала называться «Сибирской флотилией на Восточном Океане», а Штурманское училище – «Морским училищем»63 (в отчете Морского министерства за 1856 г. отмечалось, что «Охотская школа дала уже несколько не только хороших, но и отличных офицеров в корпусе штурманов»).

Перемещение главного порта Тихого океана в Петропавловск-Камчатский не только не решило проблем Охотска, а наоборот, создало дополнительные трудности базирования флотилии в гораздо менее обустроенном порту. Еще до переезда туда Штурманского училища генерал-губернатор Камчатки генерал-майор В. С. Завойко принял деятельное участие в его судьбе. При его личном участии были составлены проект и положение о Морском училище в Петропавловске-Камчатском. Согласно проекту, штат училища должен был состоять из 30 воспитанников школы и неограниченного числа кантонистов. Расчет содержания – по 15 коп. в день на одного ученика, общая сумма расходов на школу и кантонистов – 7 500 руб. в год.

Проект «Положения о Петропавловском-на-Камчатке Морском училище и состоящей при нем школе кантонистов» предполагал «образовать юношей так, чтобы они могли с пользой для службы занять должность морского офицера, корабельного штурмана, морского артиллериста, корабельного инженера, инженер-механика, инженера морской строительной части и даже гражданского архитектора». Училище причислялось ко II разряду военно-учебных заведений, с соответствующей печатью: с имперским гербом и надписью «ПЕТРОПАВЛОВСКОЕ МОРСКОЕ УЧИЛИЩЕ». При этом ученики содержались за счет казны, а своекоштные оплачивали по 30 руб. в год (по половине этой суммы за полгода вперед). Училище должно было подчиняться непосредственно Камчатскому военному губернатору и начальнику Главного морского штаба (ГМШ). Директора училища назначал ГМШ, преподавателей – Камчатский военный губернатор.