В этом все исследователи христианской древности согласны между собой, но они сильно расходятся в решении вопроса о времени и способе образования этого замечательного подземного кладбища.
До очень недавнего времени было почти общепринятым мнение, что подземные галереи близ Рима и Неаполя были вырыты задолго до христиан римлянами или же первобытными обитателями Италии для собственной надобности. Одни из защитников этого мнения, и между ними Бозио, утверждали, что катакомбы суть не что иное, как древнеримские каменоломни, откуда рабочие извлекали строительный материал (туф). Так как спрос на камни и песок был весьма большой, то и самые каменоломни приняли со временем значительные размеры. Чтобы не повредить верхнего грунта, необходимого для земледельческих работ, римляне вели эти подземные шахты на значительном углублении, причем верхний слой почвы оставался нетронутым. Эти каменоломни, о которых упоминает Цицерон, говоря об убийстве в них одного римского гражданина, назывались у римлян arenariae-lathomiae и находились за чертой города. С течением времени эти каменоломни были заброшены. В эпоху гонений христиане воспользовались этими малоизвестными и недоступными подземельями, как местом убежища. Здесь они хоронили своих единоверцев и отправляли свое богослужение. Воспользоваться этими оставленными подземельями и затем укрепить их за собой они могли тем легче, что работы в каменоломнях производились рабами и людьми низших классов, к которым принадлежало большинство первых римских христиан. Известно также, что римское правительство имело обыкновение не только назначать христиан на земляные и строительные работы, но и ссылать их в рудники за исповедание веры. Так, при императоре Траяне, ев. Климент Римский был сослан в инкерманские каменоломни близ Херсонеса – нынешнего Севастополя. Работавшие в каменоломнях христиане сообщили о них своим единоверцам, как о безопасном убежище от преследований врагов, и, будучи хорошо знакомы с расположением пещерных ходов, легко могли сделаться их руководителями в этом подземном лабиринте.
Другие защитники дохристианского происхождения катакомб, и между ними Пеллича и Бинтерим, относили начало их к глубокой доисторической древности и объясняли образование этих подземелий из обычая древних народов прокладывать в гористых местностях подземные пути для удобнейшего сообщения. В доказательство своей гипотезы они ссылались, между прочим, на свидетельство Страбона, который говорит, что в Кампании существовал некогда такой именно обычай. Когда аборигены этой страны были вытеснены новыми насельниками, не знавшими об этих подземных сооружениях, первоначальное назначение катакомб было забыто и следы их существования затеряны. Так продолжалось до христианской эры. Христиане заняли эти забытые подземелья, потому что никто ими не владел и никому они не были нужны. Поступив в их распоряжение, эти подземные проходы были возобновлены и применены к целям погребения. Прилагая эту гипотезу к образованию катакомб вообще, названные нами ученые особенно пользуются ею для объяснения происхождения катакомб неаполитанских. К тому же предположению склонны были и некоторые из римлян в ту пору, когда впервые сделались известны находки на месте катакомб. Передавая ходячую молву об этих подземных диковинках, один тогдашний писатель говорит следующее: «Римляне были чрезвычайно удивлены, узнав об открытии доселе неизвестных подземных ходов и городов, и невольно вспоминали по этому случаю старинные рассказы о подземных ходах Кампании»