В конце 30-х – первой половине 40-х годов XVI столетия Шуйские делают несколько решительных шагов к верховной власти и на некоторое время завоевывают ее. Символом особого положения Шуйских стало принятие князем Василием Васильевичем Шуйским древнего, ставшего к середине XVI столетия архаичным титула наместника московского. Двух представителей рода Шуйских вскоре пожаловали боярским чином, и вместе с прежними боярами Шуйскими в Думе сидели уже четыре князя этой фамилии! Шуйских поддерживала мощная группировка московской знати и, возможно, Новгород. Долгое время не находилось силы, способной им противостоять.

Их сильнейшего противника князя Ивана Федоровича Бельского взяли под стражу, а свиту его разослали «по селом». Дьяка Федора Мишурина, возвысившегося еще при Василии III и державшегося партии великого князя-мальчика, обезглавили «без государского веления». Боярина Михаила Васильевича Тучкова выслали из Москвы «в село». А несколько месяцев спустя свели с кафедры митрополита Даниила.

Летопись, отражающая точку зрения Церкви, сообщает о событиях того времени следующее: «…и многу мятежу и нестроению в те времена быша в христианьской земле, грех ради наших, государю младу сущу, а бояре на мзду уклонишася без возбранения, и много кровопролития промеж собою воздвигоша, в неправду суд держаще, и вся не о Бозе строяше, Богу сиа попущающе, а врагу действующе».

В 1542 году Шуйские свергли и митрополита Иоасафа, вступившегося за князя И. Ф. Бельского. Сам же Бельский отправился на Белоозеро «в заточение», где его позднее убили, а виднейшие сторонники князя – в ссылку «по городом». Летопись добавляет: «И бысть мятеж велик в то время на Москве и государя в страховании учиниша». Более того, с князем Бельским расправились вопреки мнению малолетнего государя, который его «в приближении держал и в первосоветниках».

Покуда свершался переворот, малолетнего государя разбудили среди ночи и заставили «пети у крестов». Великий князь, несмотря на громкий титул, оказался бессилен как-либо помочь своему любимцу князю Бельскому… Он не являлся настоящим государем даже в собственной комнате!

Через много лет Иван Васильевич с яростью и печалью напишет: «Когда я стал подрастать, то не захотел быть под властью своих рабов и поэтому князя Ивана Васильевича Шуйского от себя отослал на службу, а при себе велел быть боярину своему князю Ивану Федоровичу Бельскому. Но князь Иван Шуйский, собрав множество людей и приведя их к присяге, пришел с войсками к Москве, и его сторонники, Кубенские и другие, еще до его прихода захватили боярина нашего, князя Ивана Федоровича Бельского, и иных бояр и дворян и, сослав на Белоозеро, убили, а митрополита Иоасафа с великим бесчестием прогнали с митрополии». Правитель еще был мал. Вряд ли двенадцатилетний мальчик сам определял, кому быть при нем, а кому отправиться на службу в дальние города. Но, как видно, боярская партия Бельских менее утесняла его и, занимаясь государственными делами, чаще действовала с учетом его желаний. Свержение ее ничего доброго не сулило державному отроку.

Но самое страшное унижение ему пришлось испытать в сентябре 1543 года. Шуйские и их сторонники избили государева приближенного Федора Семеновича Воронцова за то, «…что его великий государь жалует и бережет». Это произошло во время заседания Боярской думы. На Ф. С. Воронцове разорвали одежду и собирались его убить. Иван IV едва упросил пожалеть фаворита. Однако уговорить Шуйских не отправлять Воронцова в дальнюю Кострому, а ограничиться ссылкой в близкую Коломну великому князю не удалось.