Примерно в одно время с кончиной последнего из опекунов умер «дядька» и воспитатель великого князя конюший Иван Иванович Челяднин. Старый уклад жизни в великокняжеской семье окончательно рухнул. Много позже Иван любил упрекать бояр, не сподобивших государей своих «никоего промышления доброхотного». Нас с единородным братом Юрием, жаловался он, стали питать как иностранцев или же как «убожайшую чадь», как тогда пострадали мы «во одеянии и в алчбе»; сколько раз вовремя не давали нам поесть! Как же исчесть такие многие бедные страдания, каковые перестрадал я в юности? – патетически восклицал Иван. Несомненно, в его жалобах, как эхо, звучали живые воспоминания юности. Но вот вопрос: к каким годам они относились? Можно сказать почти наверняка, что ко времени, когда Иван избавился от всякой опеки и стал жить в «самовольстве». «Ласкающие пестуны», стараясь завоевать расположение мальчика, не слишком принуждали его к учению. Наказать его за безобразия или заставить вовремя поесть они попросту не могли.

Сведения о боярском правлении сообщают летописи, которые были составлены, когда царь Иван достиг зрелого возраста. Летописцы исходили из того, что после смерти Василия III единственным законным носителем высшей власти в государстве был монарх, независимо от его возраста. Надо ли говорить, что власть находилась в руках бояр, правивших государством на основании закона, традиций и последней воли Василия III.

Боярская дума как учреждение окончательно сформировалась в конце XV в. при Иване III. При его малолетнем внуке «боярский синклит» стал выполнять функции высшего органа монархии впервые в полном объеме.

Борьба за власть в период боярского правления сосредоточилась на вопросе, кто будет осуществлять руководство думой. Главными соперниками были Бельские и Шуйские. Литовские выходцы Бельские получили удельные владения из рук монарха и зависели от него. Могущество коренной суздальской знати опиралось на наследственные земельные богатства.

Даже так называемый боярский «мятеж Шуйских» 1542 г. вовсе не был примером боярских беззаконий. Иван Бельский был отправлен в ссылку, а затем возвращен в столицу по решению Боярской думы, когда всевластие Шуйских вызвало недовольство бояр.

Бельскому не удалось сохранить поддержку думы, и он был вторично арестован «советом боярским». Под диктовку царя Ивана летописец вписал между строк имена бояр, выступивших против Бельского. То были боярин и дворецкий князь Иван Кубенский-Ярославский, его брат боярин Михаил, князь Дмитрий Палецкий-Стародубский, казначей Иван Третьяков-Головин.

До времени реформ Боярская дума не имела своей канцелярии, помимо канцелярий Дворцового и Казенного приказов. С возникновением системы приказов дума получила разветвленную канцелярию. Характерно, что в 1542 г. «советом бояр» руководили дворецкий Кубенский и казначей Третьяков-Головин. Арестованного Бельского посадили под арест на Казенном дворе.

Дума решила спешно вызвать из Владимира боярина Ивана и Андрея Шуйских и боярина Ивана Большого Шереметева. Решения думы были вполне законными, так как исходили от высшего органа государства.

По решению «боярского совета» Бельский был сослан в тюрьму на Белоозере. Вслед за тем его тайно умертвили, что было уже вопиющим произволом. 9 сентября 1543 г. Шуйские, Кубенские, Палецкий и их сторонники стали добиваться от Боярской думы решения об аресте Федора Воронцова. Защитники Воронцова обратились к великому князю. От его имени в думу к Шуйским дважды ходили митрополит Макарий и бояре Морозовы. Они не допустили казни Воронцова. Иван IV просил отослать опального в Коломну. Его ходатайство не было исполнено. Но Воронцов избежал кары и был сослан воеводой в Кострому. Прошло совсем немного времени, и его простили и даже произвели в бояре.