Перед началом осады Грозный разослал грамоты хану Едигер-Магмету, духовенству, казанской знати. Он предлагал им сдаться, повиниться за убийство его послов и представителей в Казани, обещал прощение и сотрудничество в будущем. От адресатов писем получил дерзкие ответы, полные презрения. Стало понятно, что битвы не избежать. Во время боя взорвались пороховые бочки. Русские воины дрогнули и побежали. Грозный остановил панику. В ходе штурма царь трижды обращался к казанской знати и хану Едигер-Магмету с предложением прекратить сопротивление, не доводить дело до большого кровопролития с обеих сторон и до уничтожения Казани – красивейшего города на берегу Волги. Его слова до поры до времени игнорировали, но потом хана Едигер-Магмета казанцы выдали воеводам.
«Ужасный» Грозный его не казнил, вывез его с собой в Москву, подарил двор и дал людей в услужение. Последний хан Казанского ханства Едигер-Магмет присягнул Грозному, перешел в православие, стал верно служить Московской Руси, воевал в Ливонскую войну против Запада.
В Европе существовал такой закон войны, когда поверженный город отдавали на разграбление победителям на три дня. Грозный же не допустил ничего подобного. Царь пресек все мародерские поползновения, объясняя, что теперь земли Казанского ханства вошли в состав единого государства, а жители ханства – такие же его подданные, как и они. Кроме того, сразу по окончании боев стал думать о том, как восстановить и обустроить жизнь в городе, который теперь находился под его защитой. Грозный отказался от трофеев, приказал раздать все войскам.
Царь распорядился оставить небольшой гарнизон для поддержания правопорядка, а всем остальным вернуться в Москву. Но его единомышленники настоятельно не рекомендовали покидать Казань. Победа над Казанским ханством повысила авторитет Грозного как полководца и как главы государства. Появление перед народом сразу после победы сулило еще больший политический вес. Окружение царя хотело возвысить его двоюродного брата Владимира Старицкого.
В отличие от царя, военная «элита» в победе над Казанью искала личные выгоды. Они предлагали царю убить всех пленных, а земли бывшего Казанского ханства раздать им. Первым, кто жаждал крови и татарских земель, был князь Андрей Курбский. Никто из окружения царя, в том числе и Курбский, не понимал мирных устремлений царя. Только один Грозный знал, что он хочет строить многонациональноеимногоконфессионноегосударство,основанноенавзаимномуважении людей. Своим решением – не убивать побежденных, царь хотел привлечь на свою сторону многие другие народы.
Грозный распорядился обращать в православие только тех, кто хочет это сделать добровольно. Но ему негласно противодействовал поп Сильвестр, который в переписке призывал первого наместника Казани князя Горбатого-Шуйского осуществлять насильственную христианизацию местного населения: «Государь здесь придерживался старой, оправданной жизнью практики русских князей, оставлявших внутренний уклад жизни (в том числе и верования) подвластных племен нетронутым и довольствовавшихся исправной выплатой дани, в отличие от западных завоевателей, которые утверждали католическую веру в покоренных землях жесткой силой. <…> Наставления же Сильвестра по части насильственного обращения в православие населения бывшего Казанского ханства шли, как видим, вразрез с политикой царя Ивана, «лаской» привлекавшего поволжских инородцев под «высокую государеву руку», и больше соответствовали западным, нежели отечественным приемам распространения христианства. Эти наставления были особенно опасны в обстановке мятежных настроений местных племен, то и дело поднимавших войну против русских. Своими призывами к насильственной христианизации Казанского края Сильвестр мог лишь усилить мятежный дух народов Поволжья и тем самым осложнить процесс освоения присоединенных к Руси земель. Осознавал ли Сильвестр вредоносность для Русского государства предполагаемых им принудительных мер при осуществлении религиозной политики в Поволжье – вот в чем вопрос. На наш взгляд, благовещенский поп не был столь простодушен, чтобы не понимать этого»