Убийство Аристобула и его старшего сына Александра заставило Цезаря искать альтернативных кандидатов, которые могли бы лучшим образом представлять его интересы в Иудее и Сирии. Несмотря на то что Антигон, младший сын Аристобула II, усиленно предлагал свои услуги, Цезарь сделал выбор в пользу Гиркана и Антипатра, которые после смерти Помпея переориентировались на поддержку Цезаря. Более того, когда новый властитель Рима столкнулся с трудностями в Египте, Антипатр и Гиркан выручили его, прибыв к нему на помощь с иудейской армией. Благодарный Цезарь в 47 г. до н. э. назначил Гиркана II первосвященником и этнархом, а Антипатра – римским наместником в Иудее. Помимо этого Цезарь вернул Иудее некоторые области и города (например, Яффу), которые Помпей отторг от нее, а также разрешил восстановить стены Иерусалима, разрушенные тем же Помпеем. Цезарь предоставил иудеям ряд привилегий и налоговых льгот, связанных, в частности с субботними годами (когда нельзя засевать поля и убирать урожай).
С этого же времени начинается быстрое возвышение Антипатра, идумейского аристократа, принявшего иудаизм и являвшегося ближайшим другом и советником Гиркана. Пользуясь своим новым положением, Антипатр, по словам Флавия, «устроил государственные дела по личному усмотрению, видя, что Гиркан крайне вял и для царя слишком бессилен. Старшего сына своего, Фазаэля, он назначил начальником Иерусалима и окрестностей; второго сына, Ирода, который был тогда еще очень молод, он послал с такими же полномочиями в Галилею» (Иуд. война, I, 10, 4).
Впервые сын Антипатра – Ирод (др. – евр. Хордос) привлек к себе внимание тем, что в качестве наместника Галилеи жестоко подавил народное антиримское восстание, вспыхнувшее там в 47–46 гг. до н. э. под руководством некоего Хизкии (Езекии). Ирод распорядился казнить всех вождей этого движения без какого-либо суда, что явно противоречило законам и практике иудаизма. Вот как описывает события того времени Флавий: «… выдающиеся иудеи, видя, как своевластен, отважен и властолюбив становится Ирод, явились к Гиркану и стали уже открыто обвинять Антипатра, говоря: «Доколе же станешь ты спокойно взирать на все происходящее? Или ты не видишь, что Антипатр и его сыновья разделили между собой всю власть, тогда как ты лишь по имени остаешься царем? Не закрывай же на это глаз своих, не считай себя вполне безопасным, относясь столь легкомысленно к себе и царской власти. Не обманывай себя убеждением, что Антипатр и его сыновья теперь все еще твои заместители, но обрати внимание на то, что они открыто признаются полновластными правителями. Так, например, сын его, Ирод, нарушил наш закон, казнив Хизкию и его товарищей. А между тем закон запрещает казнить без приговора суда даже преступника. Тем не менее он решился на такое деяние, не имея от тебя на то полномочия» (Иуд. древн., XIV, 9, 3). Под давлением народа и опасаясь за собственную участь, Гиркан II вызвал Ирода на верховный религиозный суд – Синедрион (Санхедрин). Однако Ирод явился туда с внушительной охраной и «нагнал на всех такой страх, что никто из прежних его обвинителей не решился сказать против него ни одного слова». Тем временем римский наместник в Сирии Секст Цезарь (родственник всевластного Юлия Цезаря), благодарный Ироду за подавление антиримского восстания и задобренный подарками Антипатра, «написал Гиркану письмо с предложением оправдать Ирода и с выражением угрозы в противном случае» (Иуд. древн., XIV, 9, 4). Гиркану не оставалось ничего другого, как помочь сыну Антипатра бежать в Дамаск, подальше от его разъяренных противников. Заручившись поддержкой Секста Цезаря, Ирод чувствовал себя в полной безопасности. Но он не собирался отсиживаться в Сирии под защитой римлян, а горел желанием вернуться в Иудею, чтобы отомстить Гиркану и Синедриону за перенесенные унижения. Как сообщает Флавий, такой случай ему очень скоро представился: «Когда же Секст назначил Ирода (за известную сумму денег) наместником над Келесириею (Заиорданье